针对“违法占地车间没收了土地怎么处理”这一问题，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
首先，我们要明确的是，违法占地是一个严重的法律行为，它违反了国家关于土地管理的法律法规。当车间因违法占地而被没收土地时，处理流程通常遵循以下几个步骤：
一、法律程序的执行
责令退还土地：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，县级以上人民政府自然资源主管部门会责令违法占地者退还非法占用的土地。这是处理违法占地的首要步骤，旨在恢复土地的合法使用状态。
限期拆除或没收建筑物：
- 如果违法占地上的建筑物违反了土地利用总体规划，相关部门会限期拆除这些建筑物和其他设施，以恢复土地原状。
- 如果建筑物符合土地利用总体规划，但占地行为本身是违法的，那么这些建筑物可能会被没收，并可能伴随罚款的处罚。
罚款处罚：
- 对非法占用土地的单位和个人，依法给予罚款处罚。罚款的金额通常根据占地面积、违法情节等因素来确定。
二、后续处理与整改
土地恢复与利用：
- 被没收的土地需要尽快恢复其原貌或进行合理利用。这可能包括土地平整、植被恢复等措施，以确保土地能够再次被有效使用。
责任追究与处罚：
- 对于违法占地的责任人，除了上述的法律处罚外，还可能面临行政处分、刑事责任等更严厉的惩罚。特别是当违法行为构成犯罪时，将依法追究刑事责任。
主动报告与整改建议：
- 如果土地使用者发现自己存在违规占用情况，应主动向相关部门报告并积极配合整改。这有助于减轻或避免处罚，并尽快恢复土地的合法使用状态。
三、总结与建议
违法占地是一个严肃的法律问题，它不仅违反了国家法律法规，也损害了社会的公共利益。因此，建议所有土地使用者严格遵守土地管理法规，确保土地的合法使用。同时，对于发现的违法占地行为，应及时向相关部门举报，以维护土地的合法使用秩序。
综上所述，当车间因违法占地而被没收土地时，处理流程包括法律程序的执行、后续处理与整改以及总结与建议三个主要方面。通过这些措施的实施，可以确保土地的合法使用得到恢复和维护。