对于没收的非法占用土地上的建筑物，其处理方式需要严格遵循法律法规，并结合实际情况进行灵活处理。以下是对此问题的详细解答：

一、处理方式概述

非法占用土地上的建筑物，根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，通常面临拆除、没收等处罚。对于已没收的建筑物，其后续处理方式主要包括依法拆除、保留使用（包括补办手续、临时使用）、特殊处理方式（如迁移、改造）以及综合管理与处置。

二、依法拆除

• 适用情形：若建筑物严重违反土地利用规划，如在基本农田保护区内建设的非农用建筑物，或对生态环境、公共安全存在潜在且难以消除的威胁，将选择依法拆除。
• 操作流程：由作出处罚决定的机关依法申请人民法院强制执行，费用由违法者承担。拆除后的土地应按照规划要求进行复垦或绿化。

三、保留使用

• 补办手续：

  • 适用条件：当建筑物拆除会造成资源巨大浪费或对社会公共利益不利时（如已投入使用的公共服务设施、工业厂房等），且符合土地利用总体规划。
  • 操作流程：责任人需按规定补办用地审批等手续，缴纳罚款和土地出让金等，使建筑物合法化。

• 临时使用：

  • 适用条件：特殊情况下暂时无法或不适合拆除的违法建筑物。
  • 操作流程：可批准在一定期限内临时使用，期间需遵守相关规定并逐步整改。

四、特殊处理方式

• 迁移：

  • 适用条件：建筑物具有特殊历史文化价值或建筑艺术价值，且可通过迁移解决对土地利用规划的影响。
  • 操作流程：相关部门会组织迁移至符合要求的新地点进行保护和利用。

• 改造：

  • 适用条件：建筑物具有改造价值，且改造后能符合规划和法律法规要求。
  • 操作流程：根据具体情况对建筑物进行改造，如将住宅改造为商业用房或公共服务设施。

五、综合管理与处置

• 管理主体：违法占地没收的建筑物由作出没收决定的机关依法管理和处置。

• 处置方式：

  • 对于不需拆除且符合规划和用途要求的建筑物，可能由政府安排使用或拍卖等处置。
  • 所得款项上缴国库，用于支持国家建设和发展。

• 地方差异：具体处理办法可能因地方政策、法规不同而有所差异，需结合当地实际情况进行灵活处理。

六、总结与建议

在处理没收的非法占用土地上的建筑物时，应综合考虑建筑物的实际情况、法律法规以及社会公共利益。同时，建议加强部门协作与监管力度，确保处理方式的合理性和合法性。对于涉及复杂情况或特殊价值的建筑物，建议咨询专业的法律顾问或律师以获取更详细的指导和建议。