在刑事案件中，被害单位自行委托的鉴定并非必然不被采信，其是否应当采信取决于多个因素。以下是对这一问题的详细分析：
鉴定机构和鉴定人的资质：
- 根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国刑事诉讼法>的解释》第九十七条，鉴定机构和鉴定人必须具有法定资质。如果被害单位自行委托的鉴定机构或鉴定人不具备相应的资质，那么该鉴定意见很可能不会被法院采信。
鉴定程序的合法性：
- 鉴定程序必须严格遵守法律、法规和规章的规定。这包括鉴定过程的公开性、公正性和公平性，以及是否保障了当事人的合法权益。如果鉴定程序存在违法之处，如未按规定进行检材提取、保管或送检，或者鉴定过程未公开透明，都可能导致鉴定意见的有效性受到质疑，进而不被法院采信。
鉴定意见的科学性、客观性和准确性：
- 法院会对鉴定意见进行实质性的审查，评估其在科学性、客观性和准确性方面的表现。如果鉴定意见缺乏科学依据、存在主观臆断或错误结论，那么法院可能不会完全采纳该意见。例如，如果鉴定意见与案件事实明显不符，或者与其他证据存在矛盾且无法得到合理解释，那么该鉴定意见很可能不会被采信。
与其他证据的相互印证：
- 被害单位自行委托的鉴定意见若能在程序和实体上符合要求，并能与其他证据相互印证，形成完整的证据链，那么其被法院采纳的可能性将大大增加。例如，如果鉴定意见与现场勘验笔录、证人证言等其他证据相互支持，共同指向同一案件事实，那么该鉴定意见就更有可能被法院采信。
法院的审查与判断：
- 最终，鉴定意见是否被采信还取决于法院的审查和判断。法院会根据案件的具体情况，综合考虑鉴定意见的合法性、科学性、客观性和准确性等因素，作出是否采信的决定。因此，即使被害单位自行委托的鉴定意见在形式上符合要求，但如果法院认为其存在实质性缺陷或不足以证明案件事实，那么该鉴定意见也可能不会被采信。
建议：
- 被害单位在自行委托鉴定时，应确保选择具有合法资质和良好信誉的鉴定机构，并严格遵守相关法律法规和程序要求。
- 在鉴定过程中，应保障当事人的合法权益，确保鉴定程序的公开、公正和公平。
- 鉴定意见出具后，应与其他证据进行相互印证，形成完整的证据链，以提高被法院采信的可能性。
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