结论前置：公司按照员工手册进行处罚是否合理，需视具体情况而定。企业并无直接的罚款权，但可以在员工手册中规定合法、合理的纪律处分或经济赔偿措施，前提是这些规定需遵循相关法律法规及民主程序。以下从多个角度进行分析：

1. 企业罚款权的限制：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》，罚款是行政处罚的一种，其实施主体为特定的行政机关，如工商、税务等部门。企业并非行政执法机关，因此不具备对员工进行罚款的权力。
   • 《中华人民共和国劳动法》也明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这实质上禁止了企业以罚款名义克扣员工工资的行为。

2. 员工手册的合法性要求：

   • 企业如需在员工手册中设定涉及员工切身利益的处理措施（如经济赔偿、纪律处分等），必须依据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
   • 员工手册中的相关规定需明确告知员工，例如通过培训、发放员工手册并要求签收确认等方式，以确保其知晓并同意相关内容。若员工手册未经民主程序制定或未告知员工，则可能因程序违法而无效。

3. 合法的“扣减工资”情形：

   • 在特定情况下，企业可以合法地扣减员工工资，如代扣代缴个人所得税、社会保险费用等法定费用，或依据法院判决、裁定要求代扣的抚养费、赡养费等。
   • 若因员工本人原因给用人单位造成经济损失，企业可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这是企业经济赔偿的合法限度。

4. 员工手册中的纪律处分与经济赔偿：

   • 员工手册可以规定员工应遵守的行为准则以及违规行为的纪律处分措施，如警告、记过、降职、解雇等。这些措施应当明确、具体，并与违规行为相对应。
   • 经济赔偿的数额应合理设定，不能超过企业实际损失的范围，并且必须事先告知员工。若赔偿数额过高或未事先告知，则可能因显失公平或程序违法而无效。

5. 特殊情况与地域差异：

   • 在签订劳动合同时，企业可以与员工约定违约金条款，用于约束员工违反约定的行为，如违反服务期约定或竞业限制约定等。但违约金的数额同样不能超过企业损失的范围，并需事先告知员工。
   • 不同地区可能存在地方性法规的差异，企业在制定员工手册时需考虑当地法律法规的具体要求。例如，某些地区可能对企业经济赔偿的限额有特别规定。

6. 监督与申诉机制：

   • 企业应严格按照员工手册中的规定执行相关处理措施，确保合法性与合理性。若企业随意处罚员工或违反员工手册规定，员工有权向企业提出申诉或向劳动监察部门投诉。
   • 员工对不合理的处理措施有权获得法律救济，如通过劳动仲裁或诉讼等方式维护自己的合法权益。

法律建议：

• 对于企业而言，应严格遵守国家法律法规的相关规定，确保员工手册的合法性与合理性。在制定或修订员工手册时，应经过民主程序并告知员工相关内容。
• 对于员工而言，应仔细阅读员工手册并了解自己的权利和义务。若对企业处罚有异议或认为自己的合法权益受到侵犯，应及时向企业提出申诉或向劳动监察部门投诉。

可能法律后果：

• 若企业违反法律法规或员工手册规定对员工进行处罚，可能面临劳动仲裁或诉讼的风险，并需承担相应的法律责任，如支付赔偿金、恢复劳动关系等。
• 若员工对企业的处罚有异议并提起劳动仲裁或诉讼，且仲裁机构或法院认定企业处罚违法或不合理，则企业可能需承担败诉的法律后果。