结论：公司以严重违纪扣除员工的余休是否合理，需根据具体情况判断，一般而言，若公司规章制度合法且员工确实存在严重违纪行为，公司可能有权扣除余休作为纪律处分，但需确保扣除的合理性及合法性；若公司规章制度不合法或员工违纪行为不严重，则公司扣除余休的行为可能不合法。
分析：
公司规章制度的角度：
- 公司规章制度是公司管理员工的重要依据，若规章制度中明确规定了员工严重违纪时公司可以扣除余休作为纪律处分，且该规章制度已经过民主程序制定、公示或告知员工，那么公司在此情况下扣除员工余休可能具有合法性。
- 但需注意，公司规章制度的内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，也不得侵犯员工的合法权益。若规章制度中关于扣除余休的规定违法或不合理，那么公司依据该规章制度扣除员工余休的行为将不合法。
员工违纪行为的角度：
- 员工违纪行为的严重程度是公司决定是否扣除余休的重要因素。若员工确实存在严重违纪行为，如严重违反工作纪律、给公司造成重大损失等，公司可能有权依据规章制度扣除员工余休作为纪律处分。
- 但若员工违纪行为轻微，或公司无法证明员工存在违纪行为，那么公司扣除员工余休的行为将缺乏事实依据，可能不合法。
扣除余休的合理性及合法性：
- 即使公司规章制度合法且员工存在严重违纪行为，公司扣除员工余休时也需确保扣除的合理性。扣除的余休天数应与员工违纪行为的严重程度相适应，不得过度扣除或滥用纪律处分权。
- 同时，公司扣除员工余休时还需遵守相关法律法规的规定，如不得违反最低工资标准、不得侵犯员工的休息权等。若公司扣除余休的行为违反了相关法律法规的规定，那么该行为将不合法。
建议：
- 对于员工而言，若公司以严重违纪为由扣除余休，员工应首先查阅公司规章制度，了解相关规定是否合法及自己是否存在违纪行为。若认为公司扣除余休的行为不合法或不合理，员工可以向公司提出异议或向劳动监察部门投诉。
- 对于公司而言，在制定规章制度时应确保内容的合法性及合理性，并在扣除员工余休时严格遵守相关法律法规的规定及公司规章制度的规定。同时，公司应加强与员工的沟通与交流，确保员工了解并遵守公司规章制度。
可能法律后果：
- 若公司扣除员工余休的行为不合法或不合理，员工有权要求公司恢复其被扣除的余休或给予相应的经济补偿。若公司拒绝履行相关义务，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
- 若公司扣除员工余休的行为违反了相关法律法规的规定，公司可能面临劳动监察部门的处罚或承担相应的法律责任。