当公司存在违法行为且并非员工个人问题时，员工可以按照以下方式处理：

1. 明确自身立场与责任
   首先，员工需要明确自身并未参与公司的违法行为，且在职责范围内已尽到合理注意义务。例如，若公司存在财务造假，但员工仅负责日常行政工作且不知情，则无需承担法律责任。此时，员工应保留工作记录、邮件、考勤等证据，证明自身行为合法合规。

2. 内部举报与沟通

   • 向合规部门反映：若公司设有合规部或法务部，员工可匿名或实名提交书面材料，说明违法事实及证据（如文件、聊天记录等），要求公司启动内部调查。
     
   • 要求管理层纠正：若违法行为涉及管理层直接参与，员工可联合其他同事（如有）向更高层级管理者或董事会提交书面报告，强调违法行为对公司、员工及社会的危害，要求立即停止违法行为并整改。
     
   • 注意保护自身安全：若举报可能引发报复（如降职、解雇），员工可提前咨询律师，了解《劳动法》中关于“因履行职责受打击报复”的保护条款（如《劳动合同法》第38条），必要时申请劳动仲裁。

3. 外部监管举报
   若公司拒绝整改或内部举报无果，员工可向外部监管机构举报：

   • 行业主管部门：如公司属金融行业，可向银保监会、证监会举报；若属环保领域，可向生态环境局举报。
     
   • 市场监管部门：若公司存在虚假宣传、垄断等行为，可向市场监督管理局举报。
     
   • 税务、公安部门：若涉及偷税漏税、诈骗等刑事犯罪，可直接向税务机关或公安机关报案。
     
   • 举报时需注意：提供详细证据（如合同、账目、录音等），并明确违法主体、时间、地点及具体行为，以增加举报成功率。

4. 法律救济途径

   • 劳动仲裁：若公司因员工举报而违法解雇，员工可依据《劳动合同法》第48条、第87条，要求公司继续履行合同或支付赔偿金（2N倍工资）。
     
   • 民事诉讼：若公司违法行为导致员工权益受损（如拖欠工资、未缴社保），员工可起诉公司要求赔偿。
     
   • 刑事报案：若公司行为构成犯罪（如非法集资、污染环境），员工可作为证人配合司法机关调查，必要时可申请“证人保护”。

5. 职业风险规避

   • 离职前准备：若员工决定离职，应提前整理工作证据（如邮件、文件），避免被公司诬陷“参与违法”。
     
   • 竞业限制与保密协议：若公司要求签订此类协议，员工需仔细审查条款，避免因举报行为被公司以“违反协议”为由索赔。
     
   • 新工作背景调查：离职后，新雇主可能对员工原公司经历进行调查，员工可如实说明公司违法行为（但需避免过度贬低原公司，以免引发法律纠纷）。

总结：员工在面对公司违法行为时，应优先通过内部渠道解决，若无效则果断向外部监管举报，并保留证据以备法律维权。整个过程中需注意保护自身安全，避免因举报行为遭受不法侵害。如有具体疑问，可直接向我咨询。