结论：公司套牌车被扣后，若未缴纳罚款，一般情况下不能直接提车，需结合具体情况分析处理方式。以下是具体分析：

1. 套牌车被扣的法律依据与处理流程
   根据《道路交通安全法》第九十六条，使用套牌车的，公安机关交通管理部门将扣留机动车，处2000元以上5000元以下罚款，并收缴非法牌证。若公司未缴纳罚款，车辆会被继续扣留，直至罚款及可能的滞纳金（每日按罚款数额的3%加处，最高不超过本金）缴清后，方可凭处罚决定书、缴费凭证等材料办理提车手续。

2. 公司未缴罚款的后果与提车可能性

   • 行政强制措施：交警部门有权依法扣留车辆，且在罚款未缴纳前，车辆不会因公司单方面主张而返还。
     
   • 滞纳金风险：逾期未缴罚款会产生滞纳金，进一步增加提车成本。
     
   • 例外情形：若公司能证明车辆被扣存在程序违法（如扣留手续不全、未依法告知权利等），可通过行政复议或诉讼主张撤销处罚决定，但此类情形需具体证据支持，实践中较少见。

3. 员工是否需承担责任
   员工作为驾驶人，若对套牌行为不知情（如公司未告知车辆套牌），一般不承担行政责任；但若明知是套牌车仍驾驶，可能面临与公司连带处罚（如罚款、吊销驾照等）。员工无需直接缴纳公司罚款，但若因驾驶套牌车导致交通事故，可能需承担民事赔偿责任。

4. 建议处理方式

   • 公司层面：尽快缴纳罚款及滞纳金，避免车辆长期扣留导致额外损失（如停车费、车辆贬值等）；若对处罚有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
     
   • 员工层面：若被牵连处罚，可要求公司提供车辆合法手续证明自身无过错；若因驾驶套牌车被追责，可收集证据（如公司指示驾驶的记录）主张免责或减轻责任。

提示：套牌行为不仅违反交通法规，还可能涉及伪造国家机关证件罪（若牌证系伪造），公司需重视法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体处理方案。