当您发现自己的车子被套牌并且已经因此交了罚款时，您可以按照以下步骤来处理这个问题：

一、确认套牌情况

首先，您需要确认自己的车辆确实被套牌了。这通常发生在您收到与自己车辆行驶轨迹不符的违法扣分信息时。确认套牌后，不要慌张，按照正确的流程来处理。

二、网上报案（如果当地支持）

1. 关注当地交警公众号或访问官方网站： 许多地方的交警部门都开通了网上报案功能，您可以通过关注当地交警的公众号或访问其官方网站来找到报案入口。

2. 进入报案页面： 在公众号或网站中找到“违法事故”或类似选项，然后选择“套牌车报案”。

3. 填写报案信息： 根据提示，选择您的车辆，选择相关的违法记录，填写报案证据，并上传报案人资料和车辆资料。这些资料通常包括身份证正反面照片、车辆登记证书照片、机动车行驶证照片以及车辆近期照片等。

4. 提交申请并等待审核： 提交报案申请后，交警部门将对您的材料进行审核，并将嫌疑号牌车辆列入查缉布控名单。

三、现场报案（如果网上报案不可行或需要补充材料）

1. 准备报案材料：

   • 个人车辆被套牌：行驶证、车辆登记证书原件及复印件，报案人（车主）身份证原件及复印件（报案人不是车主的，需同时提交车主的身份证和书面委托说明），车身3R彩照（正前、正后、正左、正右共四张）。
   • 单位车辆被套牌：统一社会信用代码、报案人身份证原件复印件，加盖单位公章的委托书，机动车的行驶证、车辆登记证书原件及复印件，车辆车身3R彩照，以及其他相关证明材料（如GPS定位记录、停车场证明等）。

2. 前往交警部门报案： 携带准备好的报案材料，前往当地交警部门或指定的报案窗口进行现场报案。

四、等待处理结果并换发号牌

1. 等待交警部门处理： 交警部门将对您的报案进行调查，并根据调查结果采取相应的措施。如果确认您的车辆被套牌，交警部门将锁定侦查嫌疑车辆。

2. 换发号牌： 为了避免继续受到套牌车的困扰，您需要在案件受理之日起的一定时间内（如15个自然日内）前往车管所办理换发号牌业务。预约成功后，持所需材料（包括身份证明原件、机动车行驶证原件、机动车登记证书原件、更换被套号牌通知书、车辆照片一张以及机动车原号牌）按时前往办事大厅取号受理、缴费并交回原机动车号牌。

五、后续防范措施

1. 保护车辆隐私： 在公众媒体晒车时，记得为车牌号打码。车辆维修保养、代办时，认准合法正规机构，并妥善保管车辆资料，不轻易外借。

2. 养成核查习惯： 养成定期核查交通违法记录的好习惯，以便及时发现并处理套牌等异常情况。

3. 保留相关票据： 注意保留相关票据和证据，以便在需要时举证。

通过以上步骤，您可以有效地处理车子被套牌并已交罚款的问题，并采取相应的防范措施来避免类似情况的再次发生。