结论：若施工合同中明确约定了仲裁条款，则双方应向约定的仲裁委员会申请仲裁，而非向工程所在地法院起诉。
详细分析：
仲裁条款的效力：
- 仲裁条款是合同双方自愿将争议提交给仲裁机构进行裁决的约定，具有法律约束力。一旦合同中明确约定了仲裁条款，且该条款符合法律规定（如双方意思表示真实、仲裁事项属于可仲裁范围、仲裁机构明确等），则该条款对双方均具有约束力。
仲裁与诉讼的选择：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这意味着，如果合同中有有效的仲裁条款，双方应通过仲裁方式解决争议，而非诉讼。
仲裁委员会的选择：
- 仲裁条款中通常会明确约定仲裁委员会的名称或选择方式。双方应按照约定向该仲裁委员会申请仲裁。如果仲裁条款中未明确约定仲裁委员会，但双方能够达成补充协议确定仲裁委员会的，也可以进行仲裁。若无法达成补充协议，则仲裁条款可能因约定不明确而无效，此时双方可能需要通过诉讼方式解决争议。
工程所在地法院与仲裁委员会的关系：
- 在合同中明确约定了仲裁条款的情况下，工程所在地法院对双方之间的争议不具有管辖权。双方应直接向约定的仲裁委员会申请仲裁，而不是向工程所在地法院起诉。
建议与注意事项：
- 审查合同条款：在签订施工合同时，务必仔细审查合同中的争议解决条款，确保双方对仲裁或诉讼的选择有明确且一致的意思表示。
- 明确仲裁委员会：如果选择仲裁方式解决争议，应在合同中明确约定仲裁委员会的名称或选择方式，以避免后续因仲裁委员会不明确而产生的争议。
- 遵守仲裁程序：一旦选择仲裁方式解决争议，双方应遵守仲裁程序的规定，包括提交仲裁申请、参加仲裁庭审、履行仲裁裁决等。
后续行动：
- 如果您已经签订了含有仲裁条款的施工合同，且双方因合同履行产生了争议，建议您首先查阅合同中的仲裁条款，确定约定的仲裁委员会。
- 然后，按照该仲裁委员会的仲裁规则提交仲裁申请，并准备相关证据材料以支持您的主张。
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