当员工遇到单位制定不合理制度的情况时，可以采取以下步骤来维护自己的合法权益：

一、了解相关法律法规

首先，员工需要了解《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规。这些法律明确规定了用人单位制定的规章制度必须合法、合规，不得侵犯劳动者的合法权益。如果用人单位的规章制度违反了法律、法规的规定，劳动行政部门有权给予警告，并责令改正；对劳动者造成损害的，用人单位还应当承担赔偿责任。

二、与用人单位沟通协商

在确认单位制度存在不合理之处后，员工可以尝试与用人单位进行沟通协商，表达自己的意见和诉求。通过友好、理性的沟通，有时可以促使单位对制度进行修改或完善，从而避免不必要的法律纠纷。

三、向劳动保障行政部门举报或投诉

如果沟通协商无果，员工可以向当地的劳动保障行政部门举报或投诉。根据《劳动保障监察条例》的规定，任何组织或者个人对违反劳动保障法律、法规或者规章的行为，都有权向劳动保障行政部门举报。劳动者认为用人单位侵犯其劳动保障合法权益的，也有权向劳动保障行政部门投诉。劳动保障行政部门在接到举报或投诉后，会进行调查核实，并依法对用人单位进行处理。

四、申请劳动争议调解或仲裁

如果员工与用人单位之间的争议无法通过沟通协商或举报投诉解决，员工可以向调解组织申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，发生劳动争议时，当事人可以依法申请调解或仲裁。调解或仲裁机构会依法对争议进行调解或裁决，维护员工的合法权益。

五、寻求法律援助或提起诉讼

如果员工对仲裁裁决不服，或者认为自己的合法权益受到了严重侵害，还可以寻求法律援助或向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来证明自己的主张，并依法维护自己的合法权益。

六、注意事项

1. 保留证据：在处理此类问题时，员工需要保留好相关证据，如单位制度文件、沟通记录、举报投诉材料等，以便在需要时提供证明。
2. 理性维权：员工在维权过程中应保持理性、冷静的态度，避免采取过激行为或言语攻击等不当方式。
3. 寻求专业帮助：如果员工对法律法规不熟悉或处理过程中遇到困难，可以寻求专业律师或法律援助机构的帮助。

总之，当员工遇到单位制定不合理制度的情况时，应了解相关法律法规、与用人单位沟通协商、向劳动保障行政部门举报或投诉、申请劳动争议调解或仲裁，并在必要时寻求法律援助或提起诉讼来维护自己的合法权益。