结论：公司承包农民自建房项目后转包给自然人，自然人招用的劳动者，公司一般需承担用工主体责任，但具体责任承担需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律背景与规定
《劳动合同法》及相关规定：
- 根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位将工程（业务）或经营权发包给不具备用工主体资格的组织或自然人，对该组织或自然人招用的劳动者，由具备用工主体资格的发包方承担用工主体责任。
- 在农民自建房项目中，如果公司作为承包方，将工程转包给不具备用工主体资格的自然人，那么对于该自然人招用的劳动者，公司需承担用工主体责任。
《关于确立劳动关系有关事项的通知》：
- 该通知明确，建筑施工、矿山企业等用人单位将工程（业务）或经营权发包给不具备用工主体资格的组织或自然人，对该组织或自然人招用的劳动者，由具备用工主体资格的发包方承担用工主体责任。
- 这一规定进一步强化了公司在转包工程给自然人时，对自然人招用劳动者的用工主体责任。
二、责任承担的具体情形
自然人不具备用工主体资格：
- 如果自然人不具备用工主体资格（如未办理工商登记、未取得相关资质等），那么公司作为转包方，需对自然人招用的劳动者承担用工主体责任。
- 这包括支付劳动报酬、提供劳动条件、承担工伤保险责任等。
自然人具备用工主体资格：
- 如果自然人具备用工主体资格（如已办理工商登记、取得相关资质等），并且与劳动者签订了劳动合同，那么劳动者与自然人之间形成劳动关系，公司一般不需直接承担用工主体责任。
- 但公司仍需对转包工程的合法性、安全性等进行监督，确保不违反法律法规和合同约定。
公司未尽监督义务：
- 即使自然人具备用工主体资格，如果公司未尽到对转包工程的监督义务，导致劳动者权益受损（如拖欠工资、发生工伤事故等），公司也可能需承担一定的法律责任。
- 这取决于公司是否存在过错以及过错程度。
三、法律建议与风险提示
谨慎选择转包对象：
- 公司在选择转包对象时，应谨慎审查其资质和信誉，确保具备用工主体资格和相应的施工能力。
- 避免将工程转包给不具备用工主体资格的自然人或组织，以减少法律风险。
签订书面转包合同：
- 公司与转包对象应签订书面转包合同，明确双方的权利义务和责任划分。
- 合同中应包含对劳动者权益保护的条款，如工资支付、工伤保险等。
加强监督与管理：
- 公司应加强对转包工程的监督与管理，确保转包对象按照法律法规和合同约定进行施工和用工管理。
- 定期对转包工程进行检查和评估，及时发现和纠正问题。
及时处理劳动纠纷：
- 如果发生劳动纠纷或工伤事故，公司应积极配合相关部门进行处理，并承担相应的法律责任。
- 避免逃避责任或拖延处理，以免加重法律后果。
总结：公司承包农民自建房项目后转包给自然人时，需谨慎选择转包对象、签订书面转包合同、加强监督与管理，并及时处理劳动纠纷。对于自然人招用的劳动者，公司一般需承担用工主体责任，但具体责任承担需结合实际情况判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。