结论：公司老板犯罪，员工私人电脑中的公司文件是否需要被扣押，取决于多个因素，包括文件的性质、与犯罪的关联性、员工是否知情及是否参与犯罪等。以下从不同角度进行详细分析：

1. 文件性质与犯罪关联性：

   • 如果员工私人电脑中的公司文件与老板的犯罪行为有直接关联，例如文件是犯罪证据的一部分，或者文件直接证明了犯罪行为的发生，那么这些文件很可能会被执法机关扣押作为证据。
   • 如果文件与犯罪行为无直接关联，或者只是公司日常运营中的普通文件，那么这些文件被扣押的可能性就相对较小。

2. 员工是否知情及是否参与犯罪：

   • 如果员工对老板的犯罪行为毫不知情，且没有参与任何犯罪活动，那么其私人电脑中的公司文件被扣押的可能性会降低。但执法机关仍可能出于调查需要，对文件进行审查。
   • 如果员工知情并参与了老板的犯罪行为，或者其私人电脑中的文件被用于犯罪活动，那么这些文件不仅会被扣押，员工还可能面临法律责任。

3. 执法机关的调查程序：

   • 执法机关在调查过程中，有权依法扣押与犯罪有关的物品和文件。但扣押必须遵循法定程序，包括出示搜查证、扣押清单等。
   • 如果执法机关认为员工私人电脑中的文件可能包含犯罪证据，他们可能会申请搜查令或扣押令，对电脑进行搜查和扣押。

4. 员工的权利与保护：

   • 员工有权对执法机关的搜查和扣押行为提出异议，如果认为执法机关的行为违法或侵犯了自己的合法权益，可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
   • 在执法机关进行搜查和扣押时，员工有权要求执法机关出示相关法律文书，并有权了解搜查和扣押的原因、范围等。

法律建议：

• 如果员工面临类似情况，首先应保持冷静，不要试图隐藏或销毁文件，这可能构成妨碍公务或毁灭证据等违法行为。
• 员工可以主动向执法机关说明情况，提供必要的协助，同时保护自己的合法权益。
• 如果员工对执法机关的行为有异议，或者认为自己的权益受到侵害，可以及时咨询专业律师，寻求法律帮助。

可能后果：

• 如果员工私人电脑中的文件被扣押作为证据，且这些文件确实与犯罪行为有关，员工可能会面临法律责任，具体取决于其在犯罪中的角色和程度。
• 如果员工能够证明自己对犯罪行为毫不知情，且没有参与任何犯罪活动，那么其被追究法律责任的可能性会相对较小。但员工仍需配合执法机关的调查工作，提供必要的协助和信息。