加班三小时的工时记录方式需根据具体用工形式和公司制度确定，但核心原则是确保工时记录真实、准确且符合法律规定。以下是不同情况下的工时记录要点及法律依据分析：

1. 标准工时制下的记录

• 核心规则：每日工作时间不超过8小时，每周不超过40小时。加班需经员工同意，且每日加班一般不超过3小时，每月不超过36小时。
• 记录方式：
  • 日常加班：在正常工时外额外工作3小时，需单独记录为“加班工时”，并注明具体加班日期、起止时间（如“2023年10月5日 18:00-21:00”）。
  • 休息日加班：若加班3小时发生在周末或法定节假日，需记录为“休息日加班工时”，并明确是否安排补休（未补休的需支付200%工资）。
• 法律依据：根据《劳动法》第41条，用人单位因生产经营需要安排加班，需与工会和劳动者协商，且不得强迫加班。

2. 综合计算工时制下的记录

• 核心规则：以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，平均每日和每周工作时间不超过标准工时制。
• 记录方式：
  • 周期内总工时：需记录整个周期内的总工作时间（如月周期内总工时为180小时）。
  • 加班认定：若周期内总工时超过法定标准（如月176小时），超出部分即为加班工时，需单独记录并支付150%工资。
  • 单次加班3小时：若未超过周期总工时限制，可能不视为加班，但需确保周期内总工时不超标。
• 法律依据：根据《劳动部关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》，综合计算工时制需经劳动行政部门审批。

3. 不定时工作制下的记录

• 核心规则：工作时间不固定，无需记录日常工时，但需确保劳动者休息权。
• 记录方式：
  • 无需记录日常加班：不定时工作制下，加班工时一般不适用日常加班规则，但法定节假日工作仍需支付300%工资。
  • 特殊情形：若地方性法规对不定时工作制有额外要求（如记录工作时长），需按当地规定执行。
• 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第13条，不定时工作制劳动者不适用加班工资规定，但法定节假日工作除外。

4. 公司内部制度的影响

• 核心规则：公司可在法律框架内制定工时记录制度，但不得违反最低工资、加班限制等强制性规定。
• 记录方式：
  • 电子系统记录：通过考勤系统自动记录加班时间，需确保系统准确且员工可查询。
  • 纸质签批：加班需经主管签批，并保留书面记录作为证据。
  • 员工确认：每月需让员工确认加班工时记录，避免纠纷。
• 风险提示：若公司制度未明确加班审批流程或工时记录方式，可能导致加班工资争议，建议完善制度并留存证据。

5. 工时记录的证据效力

• 核心规则：工时记录是主张加班工资的关键证据，需满足真实性、关联性、合法性要求。
• 记录要点：
  • 完整性：记录需包含日期、起止时间、加班原因、审批人等信息。
  • 一致性：考勤记录、加班审批单、工资条等证据需相互印证。
  • 保存期限：根据《劳动争议调解仲裁法》第27条，劳动争议申请仲裁时效为1年，但公司需至少保存2年工时记录备查。

总结建议：

1. 优先确认公司采用的工时制度（标准/综合/不定时），并严格按制度记录加班工时。
   
2. 保留加班审批单、考勤记录等证据，避免口头约定加班。
   
3. 若公司未记录或拒绝支付加班工资，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   

如有具体场景（如公司拒不记录工时、工时制度合法性争议等），可进一步向我咨询，我会结合地方性法规和案例为您详细分析。