合同主体确认的核心在于明确实际履行合同义务和享有合同权利的主体，结合您描述的情况，合同主体确认有以下两种常见情形：

1. 若以股东个人名义签订合同，但房屋实际由新公司使用，且新公司愿意承担合同权利义务
   此时合同主体可能发生“名义与实际分离”的情况。根据《民法典》第465条，合同仅对签订主体（股东）产生约束力，但若新公司通过实际履行（如支付租金、使用房屋）或三方协议（股东、新公司、出租方）明确承接合同权利义务，则新公司可能被认定为实际合同主体。
   操作建议：

   • 签订三方补充协议，明确出租方、股东、新公司之间的权利义务转移关系；
     
   • 若无法签订三方协议，新公司应通过书面文件（如会议纪要、函件）确认其实际承租人身份，并保留支付租金、管理房屋的证据，以降低法律风险。

2. 若以新公司名义签订合同，但股东代为签署（如新公司尚未成立时）
   根据《公司法解释（三）》第2条，发起人为设立公司以自己名义签订合同，公司成立后确认或实际享有合同权利的，合同相对方可要求公司承担责任；若公司拒绝，则由发起人承担。
   操作建议：

   • 在新公司成立后，及时与出租方签订主体变更协议，将承租人变更为新公司；
     
   • 若未变更，股东需保留新公司实际使用房屋的证据（如装修合同、物业缴费记录等），以证明合同实际履行主体为新公司，避免个人承担不必要的责任。

关键风险提示：

• 合同主体不明确可能导致出租方要求股东个人承担租金支付、违约赔偿等责任；
  
• 若新公司未通过合法程序承接合同权利义务，股东可能面临“表见代理”风险（即出租方有理由相信股东有权代表新公司签约）。
  

建议行动：根据实际交易情况，选择上述对应方案完善合同主体认定，并保留书面证据。如有具体合同文本或交易细节需要分析，可直接向我提供进一步信息。