职能部门绩效与公司经营目标挂钩这一做法本身并不违法，但具体实施时需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下从不同角度为你详细分析：
合法性基础
从劳动法的角度来看，用人单位有权根据自身的经营需要和管理目标，制定合理的绩效考核制度。职能部门绩效与公司经营目标挂钩，可以视为用人单位为了实现整体经营目标，对内部各部门和员工工作绩效进行管理和评估的一种方式。只要这种挂钩方式不违反法律法规的强制性规定，不侵犯员工的合法权益，就是合法的。
实施条件
绩效考核制度需合法合规：
- 绩效考核制度应当明确、具体、可衡量，并且应当经过民主程序制定，即与员工或员工代表进行协商，并公示或告知员工。
- 绩效考核标准应当合理，不能过于苛刻或主观，应当能够客观反映员工的工作表现和贡献。
挂钩方式需合理：
- 职能部门绩效与公司经营目标的挂钩方式应当合理，不能简单地将公司经营目标的完成情况直接等同于职能部门的绩效，而应当考虑职能部门的实际职责和工作内容。
- 挂钩方式应当公平、公正，避免对某些员工或部门造成不公平的待遇。
保障员工权益：
- 在实施绩效考核制度时，用人单位应当保障员工的知情权、参与权、表达权和监督权。
- 员工对绩效考核结果有异议的，用人单位应当提供申诉和复核的渠道。
潜在风险及防范
法律风险：
- 如果绩效考核制度违反法律法规的强制性规定，或者侵犯员工的合法权益，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
- 用人单位可能因此面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
防范措施：
- 用人单位在制定绩效考核制度时，应当充分咨询法律意见，确保制度的合法性和合规性。
- 在实施过程中，应当加强与员工的沟通和交流，及时解答员工的疑问和困惑，增强员工对绩效考核制度的认同感和接受度。
实际操作建议
明确考核目标：
- 在制定绩效考核制度时，应当明确考核的目标和目的，确保考核制度与公司的经营目标相一致。
细化考核标准：
- 根据职能部门的实际职责和工作内容，细化考核标准，确保考核标准的合理性和可操作性。
加强沟通反馈：
- 在实施绩效考核制度过程中，应当加强与员工的沟通和反馈，及时了解员工的工作情况和困难，为员工提供必要的支持和帮助。
总结来说，职能部门绩效与公司经营目标挂钩这一做法本身并不违法，但具体实施时需满足一定条件并遵循相关法律规定。如果你在实际操作中遇到任何问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。