职能部门绩效跟公司业绩挂钩是合法的。这种挂钩机制的设计与实施，需要确保其公平、合理且具有激励性，并符合相关法律法规的规定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合法性基础：

   • 绩效管理是企业自主管理的重要组成部分，企业有权根据自身的经营状况和战略目标，制定合理的绩效考核制度。
   • 将职能部门绩效与公司业绩挂钩，是企业管理层为了促进部门间协同合作、实现整体战略目标而采取的一种管理手段，只要其不违反法律法规的强制性规定，即是合法的。

2. 实施要点：

   • 制度明确：企业应通过红头文件、签订责任制等形式，明确将职能部门绩效与公司业绩挂钩的制度和原则，确保员工对此有清晰的了解。
   • 公平合理：挂钩方案应公平合理，既要考虑职能部门的特殊性质和工作内容，也要确保与公司整体战略目标的契合度。例如，可以根据部门与业务的关联程度，设定不同的绩效挂钩比例。
   • 激励性：通过奖金、股权激励等手段，激励职能部门员工更加关注公司的整体业绩表现，提高工作效率和服务质量。

3. 员工沟通：

   • 在员工入职谈薪时，应明确告知其职能部门绩效与公司业绩挂钩的方案，并写入劳动合同，以避免后续产生劳动纠纷。
   • 确保沟通管道的畅通，充分征求各部门的意见，确保他们理解并接受绩效考核方式。

4. 法律风险防范：

   • 在设计挂钩方案时，应确保不违反劳动法、劳动合同法等法律法规的相关规定，如最低工资标准、加班费支付等。
   • 对于可能产生的劳动纠纷，企业应建立完善的解决机制，及时妥善处理。

综上所述，职能部门绩效跟公司业绩挂钩是合法的，但企业在实施时需确保方案的公平、合理和激励性，并加强与员工的沟通，以防范法律风险。如有任何具体问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。