结论：五一上班打卡上班，即使没填加班，也应当视为上班。是否填写加班申请并不影响实际出勤事实的认定，但可能影响加班工资的支付。
分析说明：
出勤事实的认定：
- 员工在五一期间打卡上班，这一行为本身就构成了出勤的事实。打卡记录是员工出勤的直接证据，它证明了员工在特定时间、特定地点进行了工作。
- 是否填写加班申请，并不改变员工已经出勤的事实。加班申请通常是员工为了获得加班工资或调休而向公司提出的一种申请，它并不是出勤的必要条件。
加班工资的支付：
- 根据《劳动法》的相关规定，员工在法定节假日（如五一）上班，公司应当支付加班工资。加班工资的计算通常基于员工的正常工资和加班时长。
- 如果员工没有填写加班申请，但公司有证据证明员工确实在法定节假日上班（如打卡记录），那么公司仍然应当支付加班工资。然而，在实际操作中，如果员工没有提前申请加班，公司可能会以“未提前申请”为由拒绝支付加班工资或进行调休。但这并不改变员工已经加班的事实，员工可以通过法律途径维护自己的权益。
公司规章制度的影响：
- 不同的公司可能有不同的规章制度，有些公司可能要求员工在加班前必须填写加班申请，否则不予认可加班。然而，这种规章制度不能违反法律法规的强制性规定。
- 如果公司的规章制度与《劳动法》等法律法规相冲突，那么这些规章制度是无效的。员工在法定节假日上班，无论是否填写加班申请，都应当享有相应的权益。
建议与行动：
- 对于员工：如果你在五一期间打卡上班但没有填写加班申请，建议你保留好打卡记录等证据，以便在需要时证明自己的出勤和加班情况。如果公司拒绝支付加班工资或进行调休，你可以与公司协商或向劳动监察部门投诉。
- 对于公司：建议公司完善加班管理制度，明确加班申请的流程和要求，同时确保员工的合法权益得到保障。在处理加班问题时，应当遵循法律法规的强制性规定，避免因为规章制度的不合理而引发劳动纠纷。
后续思考依据：
- 在处理类似劳动纠纷时，法院或劳动仲裁机构通常会根据打卡记录、工作记录等证据来认定员工的出勤和加班情况。
- 《劳动法》等法律法规对员工的加班权益有明确规定，公司应当遵守这些规定并保障员工的合法权益。如果公司违反法律法规或规章制度不合理，员工有权通过法律途径维护自己的权益。