在涉及一案两人的水行政处罚案件中，应分别对每个违法行为人独立制作并下达处罚决定书。具体操作及注意事项如下：

1. 独立制作处罚决定书
   根据《行政处罚法》及《水行政处罚实施办法》的规定，行政处罚决定书应当以违法行为人为单位独立制作。即使两人因同一违法行为被查处（如共同实施非法取水行为），也需分别制作两份处罚决定书，并在文书中明确记载各自的身份信息、违法事实、证据、法律依据及处罚内容。
   法律依据：《行政处罚法》第三十九条明确要求行政处罚决定书需载明“当事人的姓名或者名称、地址”“违反法律、法规或者规章的事实和证据”等要素，隐含了对每个当事人独立制作文书的程序要求。

2. 违法事实与责任的区分
   若两人存在共同违法行为（如合伙非法采砂），需在处罚决定书中：

   • 明确共同违法事实：描述两人共同实施的行为（时间、地点、方式等）；
     
   • 区分个人责任：根据各自在违法行为中的作用、参与程度（如组织者、实施者、辅助者）划分责任比例，并在处罚内容中体现（如罚款金额、没收违法所得的分配）。
     示例：若A为主谋、B为协助者，可在A的处罚决定书中写明“A组织并实施非法采砂行为”，在B的处罚决定书中写明“B受A指使协助采砂”，并据此调整罚款幅度。

3. 处罚内容的独立性
   即使两人因同一案件被处罚，处罚内容（如罚款、没收违法所得、责令停止违法行为等）需根据各自违法情节独立确定，避免“连带处罚”。例如：

   • 若两人分别实施了独立的违法行为（如A非法取水、B非法排污），需分别针对各自行为处罚；
     
   • 若两人共同违法但情节不同（如A采砂量更大），需对A从重处罚，对B从轻或减轻处罚。
     法律依据：《行政处罚法》第五条“过罚相当原则”要求处罚与违法行为的事实、性质、情节及社会危害程度相当。

4. 送达与执行

   • 分别送达：两份处罚决定书需分别送达两人，确保其知情权与申辩权；
     
   • 独立执行：若两人未履行处罚决定，需分别申请法院强制执行，不得因一人未履行而连带执行另一人。
     例外情形：若两人对共同违法所得的分配有争议，需通过民事诉讼解决，不影响行政处罚的独立性。

5. 程序合法性保障

   • 告知权利：在处罚前需分别向两人告知陈述、申辩、听证等权利；
     
   • 集体讨论：对情节复杂或重大处罚案件，需经水行政主管部门负责人集体讨论决定，并在处罚决定书中载明讨论情况；
     
   • 文书备案：两份处罚决定书均需按《水行政处罚实施办法》规定备案，便于后续监督。

总结：一案两人的水行政处罚需遵循“一人一决定书”原则，确保违法事实认定、责任划分、处罚内容及程序均独立且合法。若对具体案件中的责任划分或文书制作有疑问，可直接向我咨询，我将结合案件细节提供进一步分析。