结论：签了三方协议但对工作不满意，档案能否申请留校需视具体情况而定，一般来说，若未与用人单位建立正式劳动关系且学校允许，档案可以申请留校；若已建立正式劳动关系或学校不允许，则档案不能留校。以下从不同角度进行分析：

一、三方协议与档案留校的关系

三方协议，即毕业生、用人单位和学校三方签订的就业协议书，它具有一定的法律效力，但并不等同于劳动合同。档案留校通常指的是毕业生在毕业后的一段时间内（如择业期内），将档案暂时存放在学校。

1. 未建立正式劳动关系：

   • 如果毕业生在签订三方协议后，并未与用人单位建立正式的劳动关系（如未签订劳动合同、未实际到岗工作等），且学校允许毕业生在择业期内将档案留校，那么毕业生可以向学校提出申请，将档案留校。

2. 已建立正式劳动关系：

   • 如果毕业生已经与用人单位建立了正式的劳动关系，并开始了实际的工作，那么根据相关规定，毕业生的档案应当转至用人单位或其指定的档案管理机构。此时，毕业生通常无法再将档案申请留校。

二、学校政策与档案留校

学校对于毕业生档案留校的政策可能因学校而异。有些学校可能允许毕业生在择业期内将档案留校，以便毕业生有更多的时间寻找合适的工作；而有些学校则可能要求毕业生在毕业后的一定时间内将档案转走。

1. 了解学校政策：

   • 毕业生在考虑是否将档案留校时，应当首先了解学校的具体政策。可以通过咨询学校就业指导中心或档案管理部门来获取相关信息。

2. 遵循学校规定：

   • 如果学校允许毕业生在择业期内将档案留校，并且毕业生符合留校的条件（如未建立正式劳动关系等），那么毕业生可以按照学校的规定办理档案留校手续。

三、实际操作建议

1. 与用人单位沟通：

   • 如果毕业生对签订三方协议后的工作不满意，并考虑将档案留校，建议首先与用人单位进行沟通，了解是否可以解除三方协议或协商其他解决方案。

2. 及时办理手续：

   • 如果决定将档案留校，毕业生应当及时向学校提出申请，并按照学校的规定办理相关手续。避免因为拖延而导致档案无法留校或产生其他不必要的麻烦。

3. 关注档案去向：

   • 无论档案最终留校还是转至其他机构，毕业生都应当关注档案的去向和状态。确保档案的安全和完整，以便在需要时能够及时提供。

后续思考依据：毕业生在面临档案留校问题时，需要综合考虑三方协议、学校政策以及个人实际情况等多个因素。如果毕业生对相关法律法规或学校政策不了解，或者在与用人单位沟通时遇到困难，可以随时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。