结论：用人单位有资质但未缴纳社保，发生工伤时，一般不能直接将总包单位列为共同被申请人进行仲裁，但在特定情形下可尝试通过法律途径追究总包单位的相关责任。以下为具体分析：
- 从劳动仲裁的被申请人确定角度
- 根据《劳动争议调解仲裁法》等相关规定，劳动仲裁的被申请人通常是与劳动者存在劳动关系的用人单位。在本题中，与劳动者建立劳动关系的是有资质的用人单位，所以正常情况下劳动者应将该用人单位列为被申请人申请仲裁，要求其承担未缴纳社保导致的工伤赔偿责任，如支付一次性伤残补助金、一次性工伤医疗补助金、一次性伤残就业补助金等。总包单位并非与劳动者直接建立劳动关系的主体，一般不能直接作为劳动仲裁的被申请人。
- 从特殊情形下总包单位可能承担责任的角度
- 存在违法分包情形：如果总包单位将工程违法分包给不具备用工主体资格的组织或自然人，而该组织或自然人招用的劳动者发生工伤，根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》等相关规定，总包单位需要承担用工主体责任，此时劳动者可以将总包单位和实际用工单位列为共同被申请人申请仲裁。不过本题中用人单位是有资质的，这种情况不太适用，但如果总包单位在分包过程中存在其他违法行为，导致劳动者权益受损，劳动者仍可尝试通过法律途径主张总包单位承担相应责任。
- 总包单位存在过错：若总包单位在工程管理中存在过错，例如未对分包单位的社保缴纳情况进行有效监督，导致劳动者无法享受社保待遇，劳动者在收集相关证据证明总包单位过错与自身损害之间存在因果关系的情况下，可以在仲裁或诉讼中尝试要求总包单位承担一定的补充赔偿责任。但这需要劳动者承担较重的举证责任，证明总包单位存在过错以及过错与损害结果之间的关联性。
建议：
- 劳动者应先收集与用人单位存在劳动关系以及发生工伤的相关证据，如劳动合同、工资支付记录、工伤认定决定书等，向有资质的用人单位主张工伤赔偿。
- 如果认为总包单位存在上述可能承担责任的情形，要积极收集总包单位违法分包、存在过错等方面的证据，如分包合同、现场管理记录、沟通记录等，以便在后续法律程序中维护自己的合法权益。
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