自动离职的员工，对于其已经付出的劳动部分，有权获得相应的工资报酬，但特殊情况下，如给用人单位造成损失或违反相关约定，可能会有所扣除。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据与基本原则

根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者付出劳动后，享有获得劳动报酬的基本权利。用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这一原则不因员工离职方式（包括自动离职）而改变。因此，即使员工未按照正常程序办理离职手续，对于其已实际付出的劳动，用人单位仍有义务支付工资。

二、一般情况下的工资支付

在一般情况下，自动离职的员工有权获得其已工作天数的工资。工资计算应按照员工实际出勤天数及双方约定的工资标准来进行。例如，若员工月工资为5000元，当月实际出勤15天，按月计薪天数21.75天计算，其应得工资约为：

\(应得工资 = \frac{月工资}{月计薪天数} \times 实际出勤天数 = \frac{5000}{21.75} \times 15 \approx 3448.28元\)

用人单位应在员工离职后合理时间内结清其应得工资，这通常会在正常的工资发放日进行。

三、特殊情况下的工资处理

1. 给用人单位造成损失需赔偿：

   • 若劳动者的自动离职行为给用人单位造成了经济损失，如未按规定办理工作交接导致生产经营受影响或财物丢失损坏等，用人单位有权要求劳动者赔偿相应损失。
   • 赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 用人单位需有充分证据证明损失数额，并确保扣除程序和金额符合法律规定。

2. 违反服务期或竞业限制约定：

   • 若劳动者与用人单位签订了服务期协议或竞业限制协议，并在自动离职时违反了相关约定，劳动者可能需按协议约定支付违约金。
   • 违约金的数额由双方在协议中约定，但不得超过用人单位提供的培训费用或劳动者违反竞业限制约定给用人单位造成的损失。
   • 用人单位同样需确保违约金的扣除符合法律规定，并提供相应证据。

四、劳动者权益保护途径

若用人单位拒绝支付自动离职员工的工资或存在其他违法行为，劳动者可通过以下途径维护自身权益：

1. 协商沟通：员工首先应与用人单位进行协商，要求支付工资。
2. 投诉举报：若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位支付工资。
3. 劳动仲裁：员工还可向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己获取工资报酬的权益。

总结：自动离职的员工有权获得其已付出劳动部分的工资报酬，这是法律赋予的基本权益。用人单位应依法履行支付工资的义务，并在处理经济损失赔偿或违约金问题时遵守相关法律法规的规定。员工在遭遇工资拒付时，也应积极采取合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。