年假抵扣工时的计算需根据具体适用场景及法律规定进行，核心原则是保障劳动者休息权并符合法定工时标准。以下分情况说明：

1. 用人单位安排加班后以年假抵扣的合法性及计算
   根据《企业职工带薪年休假实施办法》第九条，用人单位因工作需要不能安排职工休年假的，经职工本人同意，可安排其从事其他工作任务（包括加班），并按照该职工日工资收入的300%支付未休年假工资报酬，其中包含用人单位已支付职工正常工作期间的工资收入。
   计算逻辑：若用人单位以年假抵扣加班工时，需满足两个条件：

   • 劳动者书面同意（口头同意存在举证风险）；
     
   • 抵扣后需按日工资300%补足差额（例如：劳动者日工资500元，抵扣1天年假后，用人单位需额外支付1000元，而非仅支付500元）。
     风险提示：若用人单位未支付差额或未经劳动者同意强行抵扣，劳动者可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同并要求经济补偿。

2. 劳动者主动申请以年假抵扣缺勤工时的合法性及计算
   若劳动者因个人原因（如事假、迟到等）申请以年假抵扣缺勤工时，需符合以下条件：

   • 用人单位规章制度明确允许此类抵扣（需经民主程序制定并公示）；
     
   • 抵扣后劳动者剩余年假天数不低于法定最低标准（例如：工作满1年不满10年的职工，剩余年假不得少于5天）。
     计算逻辑：以实际缺勤工时折算年假天数，例如：劳动者缺勤8小时（1个工作日），可抵扣1天年假（按8小时/日计算）。若用人单位实行综合计算工时制，需按周期内总工时折算。
     风险提示：若用人单位规章制度未明确规定或抵扣后劳动者年假低于法定标准，劳动者可主张用人单位违法扣除年假并要求补休或支付工资。

3. 特殊情形下的年假抵扣规则

   • 医疗期与年假抵扣：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期内劳动者享有病假工资，用人单位不得以年假抵扣医疗期。
     
   • 停工留薪期与年假抵扣：依据《工伤保险条例》，停工留薪期内劳动者享有原工资福利待遇，用人单位不得以年假抵扣停工留薪期。
     法律依据：上述情形下，若用人单位强行抵扣，劳动者可依据《劳动争议调解仲裁法》第二条申请劳动仲裁，要求用人单位返还被抵扣的年假并支付相应工资。

建议：若您涉及年假抵扣工时的争议，需重点审查以下证据：

1. 劳动合同中关于年假的约定；
   
2. 用人单位规章制度中关于年假抵扣的规定；
   
3. 劳动者同意抵扣的书面文件（如邮件、签字确认单）；
   
4. 工资支付记录（用于核实是否按300%支付差额）。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险及应对策略。