当两个厂合并而员工不同意前往合并后的公司工作时，这是一个涉及劳动合同变更与解除的复杂问题，需要依据相关法律法规来妥善处理。以下是一些详细且具有深度的建议，希望能帮助您更好地理解和应对这一情况：
一、法律基础与员工权利
劳动合同继续有效原则：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条，公司合并后，原劳动合同继续有效，由承继权利和义务的用人单位继续履行。这意味着，从法律层面讲，员工原则上应到合并后的公司工作。
劳动合同变更与解除：
- 若合并导致工作地点、工作内容等发生重大变化，且双方未能就变更劳动合同内容达成协议，根据《劳动合同法》第四十条第三款，用人单位在特定条件下可以解除劳动合同。这包括劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，且经协商未能达成一致的情况。
经济补偿规定：
- 若因上述原因解除劳动合同，用人单位应向劳动者支付经济补偿。经济补偿标准为每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年按一年计算，不满六个月支付半个月工资。这是员工在面临合同解除时的重要权益保障。
二、协商沟通与调整安排
充分沟通：
- 公司应与员工进行充分沟通，了解他们不愿前往合并后公司的具体原因。这可能包括家庭因素、个人职业规划、对合并后公司的不信任等。同时，公司也应解释合并的背景、目的及对员工的影响，以增进相互理解。
调整工作安排：
- 在合法和合理的范围内，公司可根据员工的实际情况调整工作安排。例如，提供培训以帮助员工适应新岗位，调整岗位或工作地点以满足员工的合理需求，或者提供交通补贴等福利以减轻员工的负担。
三、处理流程与建议
审查劳动合同与合并协议：
- 员工应仔细审查劳动合同与合并协议，了解自己的权益和可能的解决方案。这包括确认工作岗位、地点、报酬等条件是否发生变化，以及这些变化是否可接受。
尝试协商变更合同：
- 若合并导致合同重要内容变化，员工应与公司协商，尝试调整合同条款。这可能包括调整工作地点、岗位、工作时间等，以达成双方都能接受的解决方案。
协商解除合同并获得补偿：
- 若协商无果且员工确实不愿继续留任，可与公司协商解除合同并获得经济补偿。员工应了解经济补偿的标准和计算方法，并确保公司按照法律规定支付。
保留证据并寻求法律帮助：
- 在整个过程中，员工应保留好与公司沟通的记录、劳动合同、工资单等相关证据。若与公司沟通无果或公司安排违反合法权益，员工可考虑通过法律途径维权，如向当地劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。
四、总结与建议
面对公司合并而员工不愿前往新公司的情况，双方应首先通过协商沟通寻求解决方案。公司应尊重员工的意愿和权益，提供合理的调整安排；员工也应理解公司的立场和困难，积极寻求双方都能接受的解决方案。若协商无果，可依据相关法律法规处理劳动合同变更、解除及经济补偿等事宜。在整个过程中，员工应保留好相关证据，并在必要时寻求专业法律帮助以维护自身权益。