结论前置：老板在您怀孕辞职时扣工资的行为一般是不合法的，您可以根据具体情况采取相应措施维护自身权益。以下从不同情况为您详细分析：

1. 若您是主动辞职且符合法定程序

• 法律规定：根据《中华人民共和国劳动合同法》以及《工资支付暂行规定》，劳动者依法解除劳动合同，用人单位应当在解除劳动合同时一次性付清劳动者工资。同时，女职工在孕期、产期、哺乳期（简称“三期”）内，虽然用人单位可以依法解除劳动合同的情形受到严格限制，但女职工自己主动提出辞职的，用人单位应当按照正常流程办理离职手续并结清工资。
• 应对措施：如果老板扣工资，您首先可以与老板进行友好协商，明确指出其扣工资的行为违反了法律规定，要求老板立即支付被扣的工资。如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查处理，责令用人单位支付工资。您还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。在申请仲裁时，您需要提供相关的证据，如劳动合同、工资条、辞职申请等，以证明老板扣工资的事实以及您的工资标准等情况。

2. 若您辞职存在不符合法定程序的情况

• 法律规定：虽然女职工在“三期”内受特殊保护，但如果女职工辞职不符合法定程序，比如未提前三十日以书面形式通知用人单位（试用期提前三日），给用人单位造成损失的，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿损失。不过，用人单位要求赔偿损失需要承担举证责任，证明损失的存在以及该损失是由劳动者辞职行为直接导致的，并且赔偿金额不能超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。但这并不意味着用人单位可以直接扣工资，而是应当通过合法途径主张赔偿。
• 应对措施：如果老板以您辞职不符合程序为由扣工资，您可以要求老板提供因您辞职造成损失的证据以及劳动合同中关于赔偿的约定。如果老板无法提供充分证据或者劳动合同中没有相关约定，其扣工资的行为就是不合法的。您可以按照上述协商、投诉、仲裁的步骤来维护自己的权益。如果老板确实能够证明存在损失且符合赔偿条件，您可以与老板协商合理的赔偿金额，尽量达成一致意见。如果协商不成，也可以通过劳动争议仲裁等途径解决争议。