从法律角度，员工“自离”（即未按照法定程序或公司规定提前通知而擅自离职）的处理方式需结合具体情况分析，核心结论如下：

1. 员工自离的法律性质
   根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者解除劳动合同需提前30日（试用期3日）书面通知用人单位。若未履行通知义务直接离职，属于违法解除劳动合同，可能需承担以下责任：

   • 若因自离给用人单位造成直接经济损失（如未交接导致生产停滞、客户流失等），用人单位可依据《劳动合同法》第九十条要求赔偿，但需举证损失与自离的因果关系；
     
   • 若自离未导致实际损失，用人单位通常无法主张赔偿，但可依据内部规章制度处理。

2. 用人单位的合法处理方式

   • 扣发工资需谨慎：根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅能扣除员工当月工资的20%作为赔偿，且扣除后不得低于当地最低工资标准。若损失超过工资20%，需通过劳动仲裁或诉讼主张剩余赔偿；
     
   • 拒绝出具离职证明属违法：即使员工自离，用人单位仍需在解除劳动合同时出具离职证明（《劳动合同法》第五十条），否则可能面临行政处罚或赔偿员工因此无法就业的损失；
     
   • 内部规章制度需合法：若公司规章制度规定“自离视为自动放弃工资”或“扣除全部工资”，此类条款可能因违反《劳动合同法》第二十五条（禁止约定除服务期、竞业限制外的违约金）而被认定无效。

3. 员工自离后的权利保障

   • 工资结算权：员工有权要求用人单位结清离职前的工资，即使自离也不得克扣全部工资；
     
   • 社保转移权：用人单位需在15日内为员工办理社保关系转移手续，否则可能面临行政处罚；
     
   • 争议解决途径：若双方对责任承担有争议，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张工资、赔偿金等权益。

建议：

• 对用人单位：完善离职流程制度，明确自离的后果（如扣除部分工资需符合法定比例），并保留员工自离造成损失的证据（如监控录像、客户投诉记录等）；
  
• 对员工：尽量通过协商或书面通知解除劳动合同，避免自离引发法律风险。若已自离，可主动与用人单位沟通工资结算和离职证明事宜，必要时通过法律途径维权。
  

如有具体纠纷细节（如自离时间、损失金额等），可进一步向我咨询，我会结合案例为您分析。