结论：辅导员在三年合同期间考取本校事业编是可能的，但具体能否实现需依据合同条款、学校规定及相关法律法规综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、合同条款的约束与影响

1. 合同内容：首先需仔细审查辅导员与学校签订的劳动合同，特别是关于“在职期间考取其他职位”或“合同变更、解除”的相关条款。若合同中明确禁止或限制辅导员在职期间考取本校事业编，则需遵守合同约定，除非双方协商一致变更合同。

2. 违约责任：若合同中有相关限制条款，而辅导员仍坚持考取并成功入职事业编，可能面临违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等。因此，在行动前务必评估违约成本。

二、学校规定的考量

1. 内部政策：不同学校对于员工在职期间考取本校事业编的政策可能不同。有的学校可能鼓励内部晋升，提供便利条件；而有的学校则可能出于管理需要，设置一定限制。因此，需了解并遵守学校的具体规定。

2. 程序要求：即使学校允许辅导员在职期间考取事业编，也可能需要满足一定的程序要求，如提前申请、经过特定审批流程等。务必按照学校规定的程序操作，以免影响考取结果。

三、法律法规的适用

1. 劳动法保护：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者有权选择自己的职业和发展方向。因此，辅导员在合同期间考取本校事业编，本质上属于劳动者行使职业选择权的行为，应受到法律保护。

2. 合同解除与变更：若因考取事业编需要解除或变更原劳动合同，应依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定进行。双方应协商一致，并签订书面协议明确变更或解除合同的具体事项。

四、实际操作建议

1. 提前沟通：在决定考取前，建议与学校人事部门或相关领导进行沟通，了解学校的具体政策和程序要求，以及可能面临的法律后果。

2. 审查合同：仔细审查原劳动合同，确保自己的行为不违反合同约定，或提前与学校协商变更合同条款。

3. 准备充分：在考取过程中，做好充分准备，包括了解事业编的招聘条件、考试内容等，确保自己符合报考要求并有能力通过考试。

4. 法律咨询：如有需要，可寻求专业律师的法律咨询，以确保自己的行为合法合规，并有效维护自身权益。

总结：辅导员在三年合同期间考取本校事业编是可能的，但需综合考虑合同条款、学校规定及相关法律法规。在行动前，建议与学校沟通、审查合同、准备充分，并在必要时寻求法律咨询。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。