地铁公司可以申请综合计算工时工作制，且并非必须采用“集中上班、集中休息”模式。以下是具体分析：

1. 综合工时制的适用范围
   根据《劳动部关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》（劳部发〔1994〕503号），综合计算工时工作制适用于因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业职工，包括交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业。地铁运营属于公共交通领域，其岗位（如司机、调度、检修等）通常符合“连续作业”或“受自然条件限制”的特征，因此地铁公司完全具备申请综合工时制的主体资格。

2. 工时计算方式的灵活性
   综合工时制的核心是“以周、月、季、年为周期综合计算工作时间”，而非强制要求“集中上班、集中休息”。例如：

   • 地铁司机可能采用“做二休一”或“做三休二”的轮班制，只要在周期内总工时不超过法定标准（如月166.64小时），即属合法；
     
   • 检修岗位可能因设备维护需求，在某段时间集中工作，后续安排调休，但同样需满足总工时限制。
     法律未限定具体排班模式，企业可根据运营需求灵活安排，但需确保劳动者平均日/周工作时间不突破法定上限。

3. 审批与告知义务
   地铁公司申请综合工时制需经劳动行政部门审批，并履行以下程序：

   • 与工会或劳动者代表协商；
     
   • 在劳动合同中明确工时制度；
     
   • 在公司内部公示排班规则。
     若未履行上述程序，即使实际采用综合工时制，也可能被认定为违法。

4. 风险提示
   若地铁公司未申请综合工时制，或虽申请但未通过审批，仍强制实行“集中上班、集中休息”模式，可能面临以下法律后果：

   • 劳动者主张加班费（超出标准工时的部分按150%或300%支付）；
     
   • 劳动行政部门责令改正或处罚。
     

建议：地铁公司应结合岗位特性设计合理的排班方案，优先通过行政审批，并保留工时计算记录以备核查。若对具体操作有疑问，可直接向我咨询，我会结合地方性法规进一步分析。