您好，理解您对于申请劳动关系证明困难的困惑。在劳动争议中，劳动关系的确认确实是劳动者维护自身权益的重要前提。针对您提出的问题，以下是一些可能的原因及相应的解决建议：
劳动关系证明困难的可能原因
未签订书面劳动合同：
- 根据法律规定，用人单位与劳动者建立劳动关系应当订立书面劳动合同。若未签订，则劳动者在证明劳动关系时可能面临困难。
劳动合同遗失或未妥善保管：
- 即使签订了劳动合同，若劳动者未能妥善保管或遗失，也会导致在需要证明劳动关系时无法提供有效证据。
缺乏其他辅助证据：
- 除了劳动合同外，工资支付记录、考勤记录、工作证件、证人证言等也是证明劳动关系的重要证据。若这些证据缺失或不足，同样会影响劳动关系的确认。
用人单位否认劳动关系：
- 在某些情况下，用人单位可能为了规避法律责任而否认与劳动者存在劳动关系，这也会增加劳动者证明劳动关系的难度。
解决建议
收集并保留劳动合同原件：
- 确保在入职时与用人单位签订书面劳动合同，并仔细核对合同内容。合同应明确载明双方的基本信息、工作内容、工作地点、工作时间、薪酬标准等关键条款。签署后，务必保留一份经双方签字或盖章的原件。
整理并保存工资支付记录：
- 工资支付记录是证明劳动关系的重要证据之一。无论是银行转账记录还是单位发放现金的签收凭证，都应妥善保存。这些记录能够直接体现用人单位向劳动者支付报酬的事实。
保留考勤记录和工作证件：
- 考勤记录能够反映劳动者是否按照用人单位的要求出勤以及具体的工作时间安排。工作证件如工牌、服务证等则可以佐证劳动者与用人单位之间的身份关联。这些证据都应妥善保管。
寻求证人证言：
- 如果可能的话，可以寻求其他劳动者的证言来证明劳动关系的存在。但需要注意的是，单一证据尤其是证人证言往往不足以充分证明劳动关系的存在，因此建议结合多种类型的证据以形成完整证据链。
向劳动争议仲裁委员会申请仲裁：
- 如果与用人单位就是否存在劳动关系引发争议，可以向有管辖权的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁过程中，您可以提交上述收集到的证据来支持自己的主张。
法律依据
根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》的规定，用人单位未与劳动者签订劳动合同时，认定双方存在劳动关系可参照工资支付凭证、工作证件、考勤记录等凭证。同时，该通知也明确了用人单位和劳动者在确立劳动关系时应遵循的原则和规定。
希望以上解答能够帮助您更好地理解劳动关系证明困难的原因及解决建议。如果您在证明劳动关系过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师或相关机构。