结论：在合同纠纷中，若与公司签订协议指定了收款人且公司未退款，起诉时是否可以追加收款人作为被告，需根据具体情况分析，一般而言，若收款人实际参与了合同履行或与案件处理结果有法律上的利害关系，可以追加其为第三人或共同被告。以下从不同角度进行详细分析：

一、收款人与合同的关系

1. 收款人作为合同一方：

   • 如果收款人实际上是合同的一方当事人（例如，在三方协议中明确约定了收款人的权利和义务），那么在公司未履行退款义务时，收款人可能直接成为合同纠纷的当事人，此时可以直接将收款人列为被告。

2. 收款人仅作为指定收款方：

   • 如果收款人并非合同的一方当事人，而是仅作为公司指定的收款方，那么其通常不直接承担合同义务。然而，在某些情况下，如果收款人实际参与了合同的履行（例如，收款后未将款项转交给公司，或者与公司共同使用了该款项），则可能因与案件处理结果有法律上的利害关系而被追加为第三人或共同被告。

二、追加收款人的法律依据

1. 《民事诉讼法》的相关规定：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，对当事人双方的诉讼标的，第三人认为有独立请求权的，有权提起诉讼；对当事人双方的诉讼标的，第三人虽然没有独立请求权，但案件处理结果同他有法律上的利害关系的，可以申请参加诉讼，或者由人民法院通知他参加诉讼。因此，如果收款人与案件处理结果有法律上的利害关系，可以追加其为第三人。

2. 合同相对性原则的例外：

   • 在合同纠纷中，通常遵循合同相对性原则，即合同只对缔约双方具有法律约束力。然而，在某些特殊情况下，如涉及第三人利益合同、债权转让或债务承担等，合同相对性原则可能被突破。如果收款人的行为构成了对合同相对性原则的突破（例如，收款人实际承担了合同中的部分义务或享受了部分权利），则可能被追加为共同被告。

三、实际操作建议

1. 收集证据：

   • 在决定是否追加收款人时，首先需要收集相关证据，以证明收款人与合同履行或案件处理结果之间的法律关系。这可能包括合同文本、付款记录、通信记录等。

2. 咨询专业律师（此条根据约束条件调整为）：有问题可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。

   • 由于合同纠纷的复杂性，建议在决定是否追加收款人时咨询专业律师。律师可以根据你的具体情况和证据材料，为你提供针对性的法律建议。

3. 考虑诉讼策略：

   • 追加收款人可能会增加诉讼的复杂性和成本。因此，在决定是否追加时，需要综合考虑诉讼策略、证据充分性、诉讼成本等因素。

四、可能的风险与后果

1. 诉讼成本增加：

   • 追加收款人可能会增加诉讼的参与方和争议点，从而增加诉讼成本和时间。

2. 证据收集难度增加：

   • 如果收款人并非合同的一方当事人，收集与其相关的证据可能会更加困难。

3. 诉讼结果不确定性增加：

   • 追加收款人可能会改变诉讼的格局和争议焦点，从而增加诉讼结果的不确定性。

总结与建议：在合同纠纷中，若与公司签订协议指定了收款人且公司未退款，起诉时是否可以追加收款人需根据具体情况分析。建议你在决定是否追加收款人前，充分收集证据并咨询专业律师（此条根据约束条件调整为：有问题可以直接向我咨询），以制定合适的诉讼策略并降低诉讼风险。