结论：公司入职时是否必须收取员工档案，需分情况讨论，具体如下：
档案管理的法律性质
根据《档案法》及《企业职工档案管理工作规定》，员工档案属于国家所有，由具有档案管理权限的单位（如国企、事业单位、政府机关或授权的人才服务机构）管理。民营企业、外资企业等非公单位通常不具备直接管理员工档案的权限，因此这类企业入职时一般不强制收取档案，而是要求员工将档案存放在户籍地或工作地的人才市场，由企业配合办理调档手续（如需）。
公司要求收取档案的合法性边界
- 合法情形：若公司属于国企、事业单位或政府机关，或已通过授权获得档案管理资质（如设立内部档案室并备案），可依法要求员工将档案转入公司管理。此时，公司需与员工签订档案保管协议，明确双方权利义务（如档案转递、查阅、保密等）。
- 违法风险：若公司无档案管理资质却强制扣留员工档案，或以档案为要挟限制员工离职、调岗等，可能涉嫌违反《劳动合同法》第9条（禁止扣押证件、收取财物）及《档案法》第24条（擅自出卖、丢弃档案的处罚），员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
员工应对建议
- 入职前：主动询问公司是否需要调档，并要求公司出具书面说明（如调档函或档案保管协议）。若公司无资质却要求调档，可明确拒绝并保留证据。
- 入职后：若公司非法扣留档案，可先通过书面函件要求返还；若公司拒不配合，可向当地人才市场或劳动监察部门申请协助调档，或通过法律途径主张权利（如起诉要求返还档案并赔偿损失）。
- 特殊情况：若员工档案中存在未了结的纠纷（如未处理的社保、职称评定等），建议先与原档案保管单位沟通解决，避免因调档导致权益受损。
提示：档案问题涉及个人权益与职业发展，建议谨慎处理。如有具体疑问（如公司调档流程、档案纠纷解决等），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细方案。