总包方和分包方背离中标合同实质性内容的约定被确认无效后，诉讼通常应按照中标合同约定的管辖条款来确定管辖法院，但也有例外情况。以下从不同角度为你详细分析：
一、一般原则：按照中标合同约定管辖
在建设工程领域，中标合同是双方真实意思表示，且经过招投标程序确定，具有较高的法律效力。当中标合同中明确约定了管辖法院时，该约定对双方具有约束力。如果总包方和分包方背离中标合同的实质性内容，另行签订的合同被确认无效，这并不影响中标合同中管辖条款的效力。因为管辖条款是合同中的独立性条款，其效力不受合同其他部分无效的影响。
举例说明：假设中标合同中约定，因合同履行发生的争议，由甲方（总包方）所在地人民法院管辖。后来，总包方和分包方背离中标合同，签订了一份新的合同，但新合同被确认无效。此时，如果发生争议，仍应按照中标合同的约定，由甲方所在地人民法院管辖。
二、例外情况：法定管辖的适用
尽管中标合同中可能约定了管辖法院，但在某些特殊情况下，法定管辖可能优先适用。这主要包括以下几种情形：
专属管辖：根据《民事诉讼法》的规定，某些类型的案件实行专属管辖，如因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。如果建设工程纠纷涉及不动产，且属于专属管辖的范围，那么即使中标合同中有其他约定，也应由不动产所在地人民法院管辖。
协议管辖无效：如果中标合同中的管辖条款存在违反法律、行政法规的强制性规定，或者损害社会公共利益等情形，那么该管辖条款可能被认定为无效。此时，应按照法定管辖来确定管辖法院。
当事人未提出管辖异议并应诉答辩：如果一方当事人在答辩期内未对管辖权提出异议，并应诉答辩的，视为受诉人民法院有管辖权。这种情况下，即使中标合同中有其他约定，也可能因当事人的行为而改变管辖法院。
三、实际操作建议
审查中标合同：在发生争议时，首先应审查中标合同中的管辖条款，确定其是否有效以及是否适用。
考虑例外情况：如果存在专属管辖、协议管辖无效或当事人未提出管辖异议并应诉答辩等例外情况，应相应调整管辖法院的确定方式。
及时咨询专业律师：由于管辖法院的确定涉及复杂的法律问题和程序规定，建议在发生争议时及时咨询专业律师，以确保自身权益得到有效维护。
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