事业单位违法辞退合同工，事业单位主要负责人是否会受影响，需分情况讨论：

1. 民事责任角度：

   • 事业单位违法辞退合同工，首先面临的是对被辞退员工的民事赔偿责任。根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位违法解除劳动合同的，应当向劳动者支付赔偿金，赔偿金的标准为经济补偿标准的二倍。这一赔偿责任主要由事业单位承担，但主要负责人作为单位的管理者，如果其决策直接导致了违法辞退行为的发生，虽然法律上可能不直接追究其个人赔偿责任，但其在单位内部的考核、评价等方面可能会受到负面影响。

2. 行政责任角度：

   • 如果事业单位的违法辞退行为违反了相关行政法规或规章，如《事业单位人事管理条例》等，那么主要负责人可能会面临行政处分。行政处分的形式包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等，具体取决于违法行为的严重程度和造成的后果。例如，如果主要负责人明知辞退行为违法仍坚持执行，或者对辞退行为负有直接责任，那么其受到行政处分的可能性就会增加。

3. 刑事责任角度：

   • 在极少数情况下，如果事业单位的违法辞退行为涉及到了犯罪行为，如滥用职权、玩忽职守等，那么主要负责人可能会面临刑事责任的追究。但这种情况相对较为罕见，且需要满足严格的犯罪构成要件。

4. 单位内部管理角度：

   • 除了法律责任外，事业单位主要负责人还可能因违法辞退行为而面临单位内部的纪律处分或管理责任。例如，单位可能会对其工作表现进行负面评价，影响其晋升、评优等职业发展机会。

建议：

• 对于事业单位而言，应严格遵守相关法律法规，确保辞退行为的合法性和合规性。在辞退合同工前，应充分评估辞退的合法性和必要性，避免违法辞退行为的发生。
• 对于事业单位主要负责人而言，应加强对法律法规的学习和理解，提高法律意识和风险意识。在决策过程中，应充分考虑法律后果和潜在风险，避免因个人决策失误而给单位和个人带来不必要的法律麻烦。
• 如果被辞退员工认为辞退行为违法，可以通过劳动仲裁等法律途径维护自己的合法权益。同时，事业单位也应积极应对劳动仲裁等法律程序，确保单位的合法权益得到保障。

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