在利息滚入本金的民间借贷合同纠纷中，起诉时本金的确定需结合具体情形综合判断，以下是详细分析：

1. 若利息滚入本金后重新出具债权凭证
   根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二十七条，借贷双方对前期借款本息结算后将利息计入后期借款本金并重新出具债权凭证：
   

• 合法情形：若前期利率未超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍，重新出具的债权凭证载明的金额可认定为后期借款本金。例如，原借款10万元，年利率15%（未超LPR四倍），结算后利息1.5万元滚入本金，重新出具11.5万元借条，此时本金按11.5万元计算。
  
• 非法情形：若前期利率超过LPR四倍，超出部分的利息不能计入后期本金。如原借款年利率24%（超LPR四倍），结算时6万元利息中仅部分合法（假设LPR四倍为15.4%，则合法利息为1.54万元），超出部分4.46万元需扣除，本金按10万+1.54万=11.54万元计算。

1. 若未重新出具债权凭证，但实际按复利计算
   需审查双方是否明确约定复利计算方式，且利息总和是否超过法定上限：
   

• 未超过上限：可按实际支付利息滚入后的金额主张本金，但需提供证据证明双方合意（如聊天记录、转账记录等）。
  
• 超过上限：超出部分无效，法院会以初始本金为基数，按合法利率计算至起诉日的本息和，超出部分不予支持。例如，初始本金10万元，年利率24%（超限），按复利计算3年后本息和为17.28万元，但法院仅支持按15.4%计算的本息和（约15.4万元），超出1.88万元部分不计入本金。

1. 若存在“砍头息”或虚假结算
   

• 砍头息：出借人预先扣除利息的，本金按实际出借金额认定。如约定借款10万元，实际转账8万元，本金按8万元计算。
  
• 虚假结算：若借款人能证明结算时受胁迫、欺诈或重大误解，可申请撤销结算协议，按实际借款金额主张本金。

实务建议：

• 起诉前整理所有借款凭证（借条、转账记录、聊天记录等），明确初始本金、利息约定及结算过程；
  
• 若涉及复利或高额利息，提前计算合法本息范围，避免主张超出部分；
  
• 若对方抗辩结算无效，需准备反驳证据（如自愿结算的声明、无胁迫的证明等）。
  

如有具体案件细节（如利率、结算方式、证据情况等），可进一步向我咨询，我会结合证据链为您制定诉讼策略。