结论：公司提出管辖权异议后员工追加被申请人，公司可从以下方面应对，一是分析追加被申请人的合法性与关联性，二是关注管辖权异议与追加被申请人程序上的衔接与影响。以下为详细分析：
分析追加被申请人的合法性与关联性
- 合法性审查
- 公司需要仔细研究员工追加被申请人的依据。根据相关法律规定，在劳动争议等案件中，追加被申请人通常需要满足一定的条件。例如，在劳动仲裁阶段，如果员工认为新的主体与原争议存在法律上的利害关系，且该利害关系符合仲裁受理范围和相关程序规定，才可能被允许追加。
- 公司要查看员工提供的证据和理由，判断其追加行为是否符合法定程序。如果员工追加被申请人的行为违反了法定程序，如未在规定的期限内提出申请、未提供必要的证据材料等，公司可以在程序上提出异议，要求仲裁机构或法院不予准许追加。
- 关联性判断
- 评估被追加的被申请人与原争议的关联程度。如果被追加的被申请人与原公司之间的争议没有实质性的法律关联，例如，员工追加的被申请人并非实际用工主体、与劳动报酬支付等争议事项无关等，公司可以主张追加的被申请人不应参与本案诉讼或仲裁。
- 从事实和法律角度分析，如果被追加的被申请人确实与原争议存在关联，公司则需要进一步考虑如何应对其加入诉讼或仲裁后可能带来的影响，例如，是否会加重公司的举证责任、是否会影响案件的审理方向等。
关注管辖权异议与追加被申请人程序上的衔接与影响
- 程序先后顺序
- 一般情况下，公司提出管辖权异议和员工追加被申请人是两个独立的程序事项，但它们之间可能会存在时间上的交叉和影响。公司提出管辖权异议后，仲裁机构或法院会对管辖权问题进行审查并作出裁定。在这个审查期间，如果员工提出追加被申请人，可能会使案件的审理程序变得更加复杂。
- 公司需要关注两个程序的时间节点和进展情况。如果管辖权异议尚未裁定，员工追加被申请人，公司可以同时对管辖权异议和追加被申请人的合法性、关联性提出意见，要求仲裁机构或法院在处理管辖权问题的同时，对追加被申请人的事项进行审查。
- 对管辖权的影响
- 员工追加被申请人可能会对原管辖权产生影响。例如，如果被追加的被申请人的住所地或主要办事机构所在地与原公司的住所地不同，可能会导致案件的管辖法院发生变化。
- 公司需要分析追加被申请人后是否符合新的管辖规定。如果认为追加被申请人后原管辖法院不再具有管辖权，公司可以在提出管辖权异议时，结合追加被申请人的情况，详细阐述管辖权应变更的理由和依据，要求将案件移送至有管辖权的法院或仲裁机构审理。
应对策略建议
- 及时提交书面意见
- 无论是对员工追加被申请人的行为，还是对管辖权异议问题，公司都应及时向仲裁机构或法院提交书面意见。书面意见应详细阐述公司的观点和理由，并提供相关的证据材料支持。
- 在意见中，要明确表达公司对追加被申请人的态度，如是否同意追加、追加是否合法合理等，同时结合管辖权异议，说明追加被申请人对管辖权的影响以及公司的主张。
- 积极参与庭审或仲裁程序
- 在案件审理过程中，公司要积极参与庭审或仲裁程序，充分行使自己的诉讼权利。在庭审或仲裁中，公司可以再次强调自己对追加被申请人和管辖权异议的观点，通过质证、辩论等环节，维护自己的合法权益。
- 关注仲裁员或法官对追加被申请人和管辖权问题的态度和倾向，及时调整自己的应对策略。如果发现仲裁员或法官对某些问题的理解存在偏差，公司可以通过合法的方式提出异议，确保案件得到公正、合理的审理。