结论：承包了荒废了二十多年的基本农田后，将其部分开垦出来设置蓄水池是否违法，需根据具体情况判断，若未改变土地用途且符合相关规定，一般不违法；若改变了土地用途或未按规定办理手续，则可能违法。以下从不同角度进行分析：
一、土地用途与规划角度
基本农田的用途：
- 基本农田是依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地，主要用于粮食生产。根据《中华人民共和国土地管理法》和《基本农田保护条例》，基本农田受到严格保护，任何单位和个人不得擅自改变其用途。
设置蓄水池是否改变土地用途：
- 如果设置蓄水池是为了灌溉基本农田，提高农田的灌溉能力，从而更好地进行粮食生产，且未对农田造成永久性损害，那么这种行为通常不被视为改变土地用途，因此不违法。
- 如果设置蓄水池导致农田无法再用于粮食生产，或者对农田造成了永久性损害，如挖深了土层、破坏了土壤结构等，那么这种行为就可能被视为改变了土地用途，从而违法。
二、审批与手续角度
是否需要审批：
- 根据相关法律法规，对基本农田进行任何形式的开发利用，包括设置蓄水池等水利设施，通常都需要经过相关部门的审批。
审批手续是否齐全：
- 如果已经获得了相关部门的审批，并且按照审批的要求进行了设置，那么这种行为就是合法的。
- 如果没有获得审批或者审批手续不齐全，那么这种行为就可能违法，即使设置蓄水池的初衷是为了灌溉农田。
三、实际操作与建议
咨询当地土地管理部门：
- 在决定设置蓄水池之前，建议先咨询当地的土地管理部门或农业部门，了解相关政策和规定，确保自己的行为符合法律法规的要求。
办理相关手续：
- 如果确定需要设置蓄水池，并且符合相关政策和规定，那么应该按照要求办理相关的审批手续，确保自己的行为合法合规。
注意保护农田：
- 在设置蓄水池的过程中，应该注意保护农田，避免对农田造成永久性损害。例如，可以选择在农田边缘或者地势较低的地方设置蓄水池，减少对农田的占用和破坏。
后续行动建议：如果你已经设置了蓄水池或者正在考虑设置蓄水池，但不确定是否合法合规，建议直接向我咨询，提供更详细的情况描述，我可以为你提供更具体的法律建议。