机关事业单位克扣职工工资，主要违反了《事业单位人事管理条例》第三十五条的规定。以下是对此问题的详细分析：
法律依据
根据《事业单位人事管理条例》第三十五条：“事业单位工作人员工资包括基本工资、绩效工资和津贴补贴。事业单位工作人员工资受法律保护，用人单位不得克扣或者无故拖欠”。这一条款明确规定了事业单位工作人员的工资构成，并强调了工资受法律保护，用人单位不得克扣或无故拖欠。
法律后果
如果机关事业单位克扣职工工资，将可能面临以下法律后果：
行政处分：根据相关规定，对于克扣职工工资的单位或个人，可能会受到警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等行政处分。
经济赔偿：被克扣工资的职工有权要求单位补发被克扣的工资，并可能要求单位支付一定的经济赔偿，如赔偿金等。具体赔偿金额可能根据被克扣工资的数额、克扣时间的长短以及职工因此遭受的损失等因素来确定。
法律诉讼：如果单位拒绝补发工资或支付赔偿，职工可以通过法律途径维护自己的合法权益，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
实际操作建议
收集证据：如果职工发现自己的工资被克扣，应首先收集相关证据，如工资条、银行转账记录、单位通知或公告等，以证明自己的工资被克扣的事实。
与单位协商：在收集到足够证据后，职工可以尝试与单位进行协商，要求单位补发被克扣的工资并支付相应的赔偿。
寻求法律援助：如果协商无果，职工可以寻求法律援助，如咨询专业律师或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁等，以维护自己的合法权益。
作为专业律师，我建议你在遇到此类问题时，及时收集证据并与单位进行沟通协商。如果问题无法得到妥善解决，你可以直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。