事业单位扣工资是否违反劳动法，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 合法扣工资的情形：

   • 法定扣减：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。例如，某员工因疏忽导致单位损失5000元，单位与其劳动合同中有相关约定，且该员工月工资为3000元，那么单位每月最多只能扣除600元（3000元的20%），直至扣完5000元为止，且扣除后该员工每月工资不得低于当地最低工资标准。
   • 依法代扣：用人单位可以依法代扣劳动者工资，如代扣代缴的个人所得税、社会保险费用、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。这些扣减都是基于法律的明确规定，因此是合法的。

2. 违法扣工资的情形：

   • 无合法依据扣减：如果事业单位在没有法定或约定依据的情况下，随意扣减员工工资，如以罚款、迟到早退等为由扣减工资，且扣减幅度超过法定标准或未保留员工基本生活费用，则构成违法。例如，单位以员工迟到一次为由扣减其当月工资的50%，这种做法就是违法的。
   • 扣减后工资低于最低标准：即使存在合法扣减的情形，如果扣减后的工资低于当地月最低工资标准，也是违法的。用人单位有义务确保劳动者的工资不低于最低工资标准。

法律建议：

• 如果您认为事业单位扣减您的工资是违法的，首先应当与单位进行沟通，了解扣减的具体原因和依据。
• 如果沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 在处理此类纠纷时，建议您保留好相关的证据，如工资条、劳动合同、扣减工资的通知等，以便在需要时提供证明。

可能后果：

• 如果事业单位违法扣减工资，除了需要补发被扣减的工资外，还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
• 对于劳动者来说，如果成功维权，不仅可以获得被扣减的工资，还可能获得一定的经济补偿或赔偿。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。