员工主张最低工资差额的时效问题，核心结论如下：
基本时效规定：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，员工主张最低工资差额的仲裁时效期间为一年。这一时效从员工知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。例如，如果员工在某个月发现自己的工资低于最低工资标准，那么从该月起算，员工需在一年内提出仲裁申请。
- 若员工对劳动仲裁结果不服并提起诉讼，则适用民事诉讼时效规定，即一般情况下为三年。但需注意，如果劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬（包括最低工资差额）发生争议，不受一年仲裁时效的限制；劳动关系终止后，则需在一年内提出仲裁申请。
时效中断与中止：
- 时效中断：在仲裁时效期间内，如果员工向用人单位主张权利、向有关部门请求权利救济，或者用人单位同意履行义务，仲裁时效将中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。例如，员工在发现工资差额后，立即向用人单位提出异议，并要求补发工资，此时仲裁时效即中断，并从用人单位答复或处理之日起重新计算。
- 时效中止：因不可抗力或其他正当理由（如员工患重大疾病无法行使权利），导致员工无法在仲裁时效期间内申请仲裁的，仲裁时效将中止。从中止原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。例如，员工因突发疾病住院治疗，无法及时申请仲裁，此时仲裁时效即中止，待员工康复出院后，仲裁时效继续计算。
特殊情况说明：
- 虽然最低工资差额与二倍工资差额在性质上有所不同，但关于其二倍部分的诉讼时效起算和计算方式，在实际操作中可能存在一定争议。不过，就最低工资差额而言，一般遵循上述一年的时效规定。
法律建议：
- 员工在发现自己的工资存在差额时，应及时收集相关证据（如工资条、银行流水等），并在规定的时效期内向劳动争议调解仲裁机构申请仲裁。
- 如果员工对仲裁结果不服，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。但需注意，如果劳动关系已经终止，且员工未在劳动关系终止后一年内提出仲裁申请，则可能面临败诉的风险。
举例说明：
假设员工小李在2023年1月发现自己的工资低于当地最低工资标准，他应在发现之日起一年内（即至2024年1月前）向劳动争议调解仲裁机构申请仲裁。如果小李在2023年6月向用人单位提出了异议，并要求补发工资，但用人单位未予答复或处理，此时仲裁时效中断，并从用人单位答复或处理之日起（假设为2023年7月）重新计算一年时效。如果小李在2024年2月才提出仲裁申请，且无法证明存在时效中断或中止的情形，则可能因超过时效而败诉。
总结与提醒：
员工主张最低工资差额的时效问题涉及多个法律知识点，且具体应用时需结合案件实际情况。因此，建议员工在发现工资差额时，及时咨询并向我提问，明确自己的权利和责任，并在规定的时效期内采取行动，以有效维护自己的合法权益。