双方协商解除建设工程合同时，对于已经完工或损坏的工程的结算，通常遵循以下原则和步骤：
合同约定优先：
- 首先，应审查原合同中关于合同解除、工程结算、已完工部分处理以及损坏工程责任承担等条款的约定。如果合同中有明确规定，双方应按照合同约定执行。
已完工部分的结算：
- 对于已经完工的部分，双方应依据实际完成的工作量、合同约定的计价方式以及市场价格等因素进行结算。这通常涉及对已完成工程的量测、评估以及确定合理的工程价款。
- 如果合同中有关于已完工部分结算的特别约定，如按进度付款、阶段性结算等，应按照这些约定进行。
损坏工程的处理：
- 对于损坏的工程，首先需要确定损坏的原因和责任方。如果损坏是由于承包方的施工不当或管理不善造成的，那么承包方应承担修复或赔偿的责任。
- 如果损坏是由于不可抗力、发包方原因或其他非承包方责任造成的，那么双方应协商确定修复方案及费用承担方式。在协商过程中，可以考虑由发包方承担修复费用，或者根据实际情况调整工程价款。
协商与调解：
- 在结算过程中，双方应保持沟通，尽量通过协商达成一致。如果协商不成，可以考虑邀请第三方进行调解，如行业协会、专业机构或律师等，以促成双方达成和解。
法律途径：
- 如果协商和调解均无法达成一致，双方可以通过法律途径解决争议。这通常涉及向法院提起诉讼或申请仲裁，由法院或仲裁机构根据事实和法律作出裁决。
具体操作建议：
- 详细记录与评估：在协商解除合同前，双方应对已完工部分和损坏工程进行详细记录和评估，包括工程量、质量状况、损坏原因等，以便为后续的结算提供依据。
- 明确结算条款：在协商解除合同时，双方应明确已完工部分的结算方式、损坏工程的处理方式以及费用承担等条款，避免后续产生争议。
- 保留证据：双方应保留与工程结算相关的所有证据，如合同、施工图纸、变更通知、验收报告、付款凭证等，以便在需要时提供证明。
可能涉及的法律后果：
- 如果双方无法就结算达成一致，且未通过法律途径解决争议，可能会导致工程款拖欠、工程烂尾等不良后果。
- 如果一方违反合同约定或法律规定，可能需要承担违约责任或赔偿责任。
总结与建议：
双方协商解除建设工程合同时，对于已完工或损坏工程的结算，应首先依据合同约定执行；合同无约定或约定不明的，应通过协商、调解或法律途径解决。在处理过程中，双方应保持沟通、明确结算条款、保留证据，以避免后续产生争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。