在公司名称发生变更后，确定起诉主体是一个涉及法律程序和实体权利义务承继的重要问题。以下是对此问题的详细解答：
一、公司名称变更的法律效力
公司名称变更，一旦完成登记并公告，原公司名称即不再存在，从法律层面讲，变更前后的公司被视为同一民事主体的延续。这意味着，公司名称的变更并不影响其法人主体资格，也不改变其原有的权利义务关系。根据《中华人民共和国公司法》及相关法律规定，公司变更前的债权、债务由变更后的公司承继。
二、起诉主体的确定原则
基本原则：
- 在公司名称变更后，无论是作为原告还是被告参与诉讼，均应以变更后的公司名称为诉讼主体。这是因为变更后的公司承继了原公司的所有权利和义务，包括诉讼权利。
作为原告的情况：
- 如果公司已完成名称变更登记，应以变更后的公司名称提起诉讼。例如，原公司名为“甲有限公司”，变更为“乙有限公司”后，起诉时应以“乙有限公司”为原告。
- 如果公司正在办理名称变更登记，通常也应以变更后的公司名称作为原告，并向法院说明情况，提交相关证据，如工商变更登记申请书等。
作为被告的情况：
- 如果公司已完成名称变更登记，被起诉时应以变更后的公司名称作为被告。例如，原公司名为“丙有限公司”，变更为“丁有限公司”后，被起诉时被告应为“丁有限公司”。
- 如果公司正在办理名称变更登记，一般以原公司名称作为被告，但在诉讼过程中应向法院说明正在进行名称变更的情况，并提供相关证据。
三、特殊情况的处理
原告不知公司名称变更：
- 若原告以原公司名称起诉，法院在受理后会要求原告进行变更。若原告不同意变更，可能面临驳回起诉的风险。因此，原告在起诉前应尽可能查询公司的最新名称和登记信息。
公司故意隐瞒名称变更事实：
- 如果公司故意隐瞒名称变更事实，导致原告以原公司名称起诉，原告可通过查询工商登记档案、企业信用信息公示系统等获取公司名称变更的证据，并以变更后的公司作为被告提起诉讼。若因此造成损失，原告可要求公司承担赔偿责任。
公司合并与分立：
- 如果公司合并，合并后的公司应承担原公司的权利和义务，因此应以合并后的企业法人为被告。
- 如果公司分立，分立后的各公司可能对原公司的债务承担连带责任，因此应将分立后的法人作为共同被告。
四、诉讼过程中的注意事项
仔细审查变更登记情况：
- 在确定被告时，需确保起诉对象的准确性，仔细审查公司的变更登记情况，包括变更时间、变更内容等。
及时通知法院：
- 如果被告在诉讼过程中发生名称变更，法院可以根据实际情况直接变更被告名称，无需将案件发回重审。但原告或被告应及时通知法院，并提供相关证据。
避免法律风险：
- 因公司名称变更而导致诉讼主体错误，可能会引发不必要的法律纠纷和诉讼风险。因此，在起诉或应诉前，务必仔细核查公司的最新名称和登记信息。
五、实际操作建议
- 查询工商登记信息：在起诉或应诉前，通过工商登记机关或企业信用信息公示系统查询公司的最新名称和登记信息。
- 准备相关证据：如工商变更登记证明、公司营业执照等，以证明变更前后的公司为同一实体。
- 咨询专业律师：如果涉及复杂情况或不确定如何处理，建议咨询专业律师以获取法律意见和帮助。
综上所述，公司名称变更后的起诉主体确定应遵循相关法律法规的规定，并结合实际情况进行灵活处理。在起诉或应诉时，务必注意核查公司的最新名称和登记信息，以确保诉讼程序的顺利进行并有效维护自身合法权益。