在合同已履行完毕的情况下，一方起诉要求确认合同有效，人民法院一般会根据具体情况进行裁判，核心结论如下：

1. 若合同不存在法定无效情形，法院会支持确认合同有效的请求
   根据《民法典》第143条，合同有效的核心要件包括：行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或公序良俗。若合同在签订及履行过程中均符合上述要件，且无《民法典》第144-154条规定的无效情形（如欺诈、胁迫、恶意串通、违反强制性规定等），法院会依法确认合同有效。此时，裁判逻辑侧重于对合同效力要件的实质审查，而非合同是否已履行完毕——履行状态不影响效力认定，仅可能影响后续权利义务的处置（如违约责任是否实际发生）。

2. 若合同存在效力瑕疵但已实际履行，法院可能结合履行情况综合判断
   实践中存在部分合同虽存在效力瑕疵（如未办理批准手续、未登记等），但双方已按约定履行主要义务。此时法院可能根据《民法典》第502条（未生效合同的履行例外）或第507条（合同不生效不影响争议解决条款效力）的规定，结合履行情况、当事人真实意思表示及公平原则，确认合同效力。例如，需批准的合同未获批但已履行，若审批非强制性规定且履行未损害公共利益，法院可能认定合同有效；若履行行为本身违法（如无资质施工），则可能以“以合法形式掩盖非法目的”为由否定效力。

3. 若起诉目的为对抗其他法律关系，法院会审查请求的必要性
   若一方起诉确认合同有效仅是为对抗其他诉讼（如另一方主张合同无效或撤销），法院会审查其请求是否具有实际意义。例如，合同已履行完毕且无争议，确认效力请求可能被认定为“无实际争议”而不予受理；若确认效力是为固定权利义务状态（如防止对方反悔），法院会结合合同履行情况、当事人利益平衡等因素，判断是否支持请求。

实务建议：

• 起诉前需明确请求目的：若仅为确认效力而无后续主张（如赔偿、继续履行），需评估法院受理可能性；
  
• 全面收集证据：包括合同文本、履行凭证（如付款记录、交付单据）、沟通记录等，以证明合同效力要件及履行情况；
  
• 关注特殊合同类型：如建设工程合同需审查资质、审批手续，金融合同需审查监管规定，避免因行业特殊性导致效力瑕疵。
  

如有具体合同类型或纠纷细节，可进一步向我咨询，我会结合案例为您详细分析。