针对您提出的“工伤申请扣除确认劳动关系时间，前提是否必须要提交工伤认定申请”这一问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，在工伤认定的流程中，确认劳动关系是一个关键环节。这是因为，只有确认了劳动者与用人单位之间存在劳动关系，才能进一步判断劳动者所受伤害是否属于工伤范畴。
关于是否需要提交工伤认定申请来确认劳动关系：
一般情况下：在申请工伤认定时，确实需要提交与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料。这是工伤认定申请的基本要求之一，旨在确保申请的合法性和有效性。因此，从这个角度来看，提交工伤认定申请的过程本身就包含了确认劳动关系的环节。
特殊情况：如果劳动者与用人单位之间就劳动关系存在争议，且无法通过协商或调解解决，那么劳动者可能需要先通过劳动争议仲裁或诉讼等法律途径来确认劳动关系。在这种情况下，确认劳动关系的程序并不直接依赖于工伤认定申请，而是作为一个独立的法律程序存在。然而，一旦劳动关系得到确认，劳动者仍然需要提交工伤认定申请来进一步认定所受伤害是否为工伤。
扣除确认劳动关系时间：在工伤认定流程中，如果因为确认劳动关系而产生了时间上的延误，这通常不会影响工伤认定的整体时限。社会保险行政部门在受理工伤认定申请后，会依法进行调查核实，并在规定时限内作出工伤认定决定。确认劳动关系的时间通常会被计入工伤认定的整体处理时间内，但不会单独扣除或延长工伤认定的时限。
建议：
综上所述，虽然确认劳动关系是工伤认定流程中的一个重要环节，但并不意味着必须单独提交一个“确认劳动关系”的申请。在大多数情况下，提交工伤认定申请的过程就包含了确认劳动关系的环节。希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。