若企业存在《食品安全法》规定的违法情况且已注销营业执照不再经营，处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 违法行为的责任主体与注销时点关系
   根据《公司法》及《食品安全法》，企业注销后法人资格终止，原则上不再承担行政责任或刑事责任。但需注意：

   • 注销前已立案调查：若市场监管部门在企业注销前已对其违法行为立案，且企业未履行处罚决定（如罚款、没收违法所得等），行政机关可依法将原股东、实际控制人列为责任主体，要求其以个人财产承担连带责任（《公司法司法解释二》第20条）。
     
   • 注销后发现违法行为：若违法行为在企业注销后才被查实，且注销程序存在瑕疵（如未依法清算、虚假清算），债权人或监管部门可申请法院撤销注销登记，恢复企业主体资格后追责；若注销程序合法，则一般难以直接追究企业责任，但可追究直接负责的主管人员或其他直接责任人员的个人责任（《食品安全法》第122-150条）。

2. 具体处理步骤

   • 行政责任层面：
     市场监管部门会首先核查企业注销是否合法。若合法，将终止调查；若违法，可能依据《市场主体登记管理条例》第40条撤销注销登记，恢复企业状态后作出行政处罚（如罚款、吊销许可证等）。
     
   • 刑事责任层面：
     若违法行为涉嫌犯罪（如生产销售有毒有害食品罪），公安机关可依法追究原法定代表人、直接责任人的刑事责任，不受企业注销影响（《刑法》第143-144条）。
     
   • 民事赔偿层面：
     消费者或受害者可依据《消费者权益保护法》第55条或《食品安全法》第148条，要求原股东或实际控制人在未清算财产范围内承担赔偿责任（需证明其存在过错或未依法清算）。

3. 实务建议

   • 企业端：若已注销且无未了结的违法事项，需保留完整注销文件（如清算报告、股东会决议）以备核查；若存在未履行处罚，建议主动与监管部门沟通，避免责任扩大至个人。
     
   • 监管端：市场监管部门应加强注销前审查，要求企业提交《无未了结案件承诺书》，并通过系统比对核查是否存在未执行处罚。
     
   • 消费者端：若发现企业注销后仍存在违法行为损害权益，可向法院申请“执行转破产”，通过破产程序追偿，或直接起诉原股东要求承担侵权责任。

总结：企业注销不免除违法责任，但责任主体可能转移至个人。具体处理需结合注销程序合法性、违法行为发现时点及责任人员过错程度综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。