当您在注销营业执照后发现存在违法行为时，这是一个需要谨慎处理的问题，因为法律责任并不会因为公司的注销而消失。以下是根据不同法律责任方面，为您提供的详细处理建议：

一、民事责任方面

1. 已依法清算的情况：

   • 如果您的公司在注销前已经按照法定程序进行了清算，并且清偿了所有已知的债务，那么注销后发现的违法行为所产生的民事责任，通常将由股东以其在公司剩余财产分配中所取得的财产为限来承担清偿责任。
   • 法律依据为《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》第十九条，它规定了有限责任公司的股东等在公司解散后恶意处置财产或提供虚假清算报告骗取注销登记，需对债务承担相应赔偿责任。

2. 未依法清算的情况：

   • 如果公司未按规定履行通知和公告义务，导致债权人未能及时申报债权，那么清算义务人（如股东、董事等）需要对债权人承担赔偿责任。
   • 这种情况下的法律依据是《公司法》第一百八十五条，它要求清算组在规定时间内通知债权人并公告，未履行此义务将承担相应的责任。

二、行政责任方面：

• 即使您的公司已经注销，行政机关仍然有权对其存续期间的违法行为进行调查和处罚。这可能包括罚款、吊销许可证等行政处罚决定。
• 行政机关还可以追究法定代表人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员的行政责任。

三、刑事责任方面：

• 如果公司的违法行为构成了犯罪，即使公司已经注销，司法机关也会追究相关责任人的刑事责任。这包括对公司判处罚金，以及对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。
• 司法机关会通过调取工商登记档案、财务账目等方式，尽可能还原案件事实，以追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

综合建议：

为了避免注销后发现违法行为所带来的法律风险，我建议您在运营期间就严格遵守法律法规，并建立健全的合规体系。一旦发现违法行为，应立即采取措施进行整改，并主动向相关部门报告，以减轻可能的法律责任。同时，在注销过程中的清算工作也应严格按照法律规定进行，确保履行通知和公告义务，从而避免后续的民事纠纷和法律风险。