针对您提出的“注销程序违法怎么处理”这一问题，我将从法律责任、处理方式及综合建议三个方面为您进行详细解答。
一、法律责任
公司注销后，若发现存在违法行为，法律责任并不会因此消失。相关责任人和主体仍需根据违法行为的性质承担相应的民事责任、行政责任或刑事责任。
民事责任：
- 若公司在注销前已按法定程序进行清算，并清偿了所有已知债务，则注销后发现的违法行为所产生的民事责任，通常由股东以其在公司剩余财产分配中所取得的财产为限承担清偿责任。
- 若公司未按规定履行通知和公告义务，导致债权人未能及时申报债权，清算义务人（如股东、董事等）需对债权人承担赔偿责任。
行政责任：
- 公司注销不影响行政机关对其存续期间的违法行为进行调查和处罚。行政机关可依法对公司及相关责任人作出行政处罚决定，如罚款、吊销许可证等。
- 即使公司已注销，行政机关仍可追究法定代表人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员的行政责任。
刑事责任：
- 若公司违法行为构成犯罪，即使注销，司法机关仍会追究相关责任人的刑事责任。单位犯罪时，除对单位判处罚金外，还会对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。
二、处理方式
主动报告与整改：
- 一旦发现公司注销过程中存在违法行为，相关责任人应立即向相关部门报告，并主动采取措施进行整改，以减轻可能的法律责任。
配合调查：
- 在行政机关或司法机关进行调查时，相关责任人应积极配合，提供必要的证据和信息，以便调查机关能够准确查明事实，依法作出处理。
承担法律责任：
- 根据违法行为的性质和后果，相关责任人应依法承担相应的民事责任、行政责任或刑事责任。这包括赔偿损失、接受行政处罚或承担刑事责任等。
三、综合建议
建立健全合规体系：
- 为避免注销后发现违法行为所带来的法律风险，公司和相关人员应在运营期间严格遵守法律法规，建立健全的合规体系，确保公司运营活动的合法性和规范性。
严格履行清算义务：
- 在公司注销过程中，应严格按照法律规定进行清算工作，确保通知和公告义务的履行，避免因未履行相关义务而引发的民事纠纷和法律风险。
加强法律意识与培训：
- 公司和相关人员应加强法律意识，定期进行法律培训，提高对法律法规的理解和遵守能力，从而有效预防违法行为的发生。
综上所述，注销程序违法时，相关责任人和主体需根据违法行为的性质承担相应的法律责任。为避免此类风险，公司和相关人员应在运营期间严格遵守法律法规，建立健全的合规体系，并在注销过程中严格履行清算义务。一旦发现违法行为，应立即采取措施整改，并主动向相关部门报告。