若注销程序违法导致注销无效，核心处理方式是依法确认注销无效并恢复原状或寻求相应赔偿，具体分以下情况处理：

1. 确认注销无效的途径
   若发现注销程序存在违法情形（如未依法通知利害关系人、未履行法定审查义务、超越职权注销等），可通过行政诉讼或行政复议主张注销行为无效。例如：公司登记机关违法注销企业登记，利害关系人可向法院提起行政诉讼，请求撤销注销登记；若涉及行政机关直接注销许可证等行政许可，可先申请行政复议，对复议结果不服再提起诉讼。
   法律依据：《行政诉讼法》第70条（行政行为违法可判决撤销）、《行政复议法》第64条（行政行为违法可决定撤销）。

2. 恢复原状或赔偿损失
   注销被确认无效后，原权利状态应恢复。如企业被违法注销后，可要求登记机关恢复企业登记；若因注销导致财产损失（如设备被处置、合同无法履行），可要求侵权方（如违法注销的行政机关或第三方）赔偿实际损失。
   关键点：需证明损失与违法注销的因果关系，例如保留合同、财产凭证等证据。

3. 针对不同主体的处理差异

   • 行政机关违法注销：以行政诉讼为主，重点审查注销程序是否符合《公司登记管理条例》《行政许可法》等规定（如是否公示、是否听取陈述申辩）。
     
   • 第三方恶意注销：若第三方通过伪造材料等手段注销他人权利（如商标、专利），可同时提起民事诉讼主张侵权赔偿，并要求行政机关撤销错误注销。
     
   • 自身操作失误导致注销：若因未及时年检、未履行义务等自身原因被注销，需先补正程序（如补交材料、缴纳罚款），再申请恢复；若注销已生效且无法恢复，可能需重新申请登记或许可。

行动建议：

1. 立即收集注销程序违法的证据（如登记机关未通知的记录、伪造的材料、程序超期的证明）；
   
2. 根据主体类型选择救济途径（行政诉讼/复议或民事诉讼）；
   
3. 若涉及财产损失，同步申请财产保全或证据保全。
   

如有具体场景（如企业注销、许可证注销、知识产权注销等），可进一步向我说明，我会结合细节提供更精准的方案。