结论：员工做了三天自己辞职，其中两天迟到，老板仍然需要支付工资，但具体支付金额可能会因迟到情况而有所调整。

分析说明：

1. 工资支付的基本原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者提供了正常劳动，用人单位应当按照劳动合同约定的工资标准支付工资。这意味着，只要员工提供了劳动，无论其是否迟到，老板都有义务支付相应的工资。

2. 迟到对工资的影响：

   • 迟到本身并不构成老板拒付工资的理由。然而，如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了迟到将扣除相应工资或奖金，那么老板在支付工资时，可以按照这些规定进行扣除。但扣除的部分应当合理，且不能违反法律法规的强制性规定。
   • 在没有具体规定的情况下，老板不能仅凭员工迟到就拒付或全额扣除工资。如果老板因此拒付工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 实际支付金额的计算：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中没有关于迟到扣除工资的具体规定，那么老板应当支付员工三天的全额工资。
   • 如果存在相关规定，且规定合理合法，那么老板可以按照规定扣除迟到对应的工资部分。例如，如果规定迟到一次扣除当天工资的10%，那么员工两天迟到，老板可以扣除这两天工资的20%，但应支付剩余80%的工资以及未迟到那天的全额工资。
   • 计算公式（假设日工资为W，迟到扣除比例为P）：
     • 应支付工资 = (未迟到天数 × W) + (迟到天数 × W × (1 - P))
     • 在本例中，若未迟到1天，迟到2天，且迟到扣除比例为10%（即P=0.1），则：

          - 应支付工资 = (1 × W) + (2 × W × 0.9) = W + 1.8W = 2.8W（即三天工资中扣除迟到部分的金额）
       

特别提醒：

• 老板在制定公司规章制度时，应当明确关于迟到、旷工等行为的处理方式和工资扣除标准，以确保规章制度的合法性和合理性。
• 员工在入职时应当仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解自己的权利和义务，以便在发生纠纷时能够维护自己的合法权益。

后续建议：

• 如果员工和老板之间就工资支付问题存在争议，建议首先通过协商解决。
• 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

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