结论：合伙协议约定了管辖法院且不同的情况下，能否与变更工商登记一起起诉，需分情况讨论，一般情况下可以合并起诉，但需满足一定条件；若不满足条件，则可能需要分别起诉。以下为详细分析：
一、可以合并起诉的情况
诉讼请求之间具有关联性：
- 如果合伙协议纠纷与变更工商登记纠纷在事实上或法律上存在紧密联系，例如，合伙协议中明确约定了工商登记变更的条件或程序，而一方未按照约定履行导致纠纷，此时两个诉讼请求可以视为具有关联性，可以合并起诉。
- 法律依据：根据《民事诉讼法》的相关规定，当事人一方或者双方为二人以上，其诉讼标的是共同的，或者诉讼标的是同一种类、人民法院认为可以合并审理并经当事人同意的，为共同诉讼。在合伙协议纠纷与变更工商登记纠纷中，若存在上述关联性，可视为同一种类或共同的诉讼标的，从而合并审理。
便于法院审理和当事人诉讼：
- 如果合并起诉能够简化诉讼程序，提高诉讼效率，减少当事人的诉累，且不会对法院的审理造成实质性困难，法院通常会允许合并起诉。
- 实践操作：在提起诉讼时，可以在起诉状中明确列出两个诉讼请求，并说明它们之间的关联性，以及合并起诉的合理性和必要性。
二、需要分别起诉的情况
诉讼请求之间缺乏关联性：
- 如果合伙协议纠纷与变更工商登记纠纷在事实上或法律上没有直接联系，例如，合伙协议纠纷主要涉及合伙内部的权益分配，而变更工商登记纠纷则主要涉及与第三方的法律关系，此时两个诉讼请求缺乏关联性，可能需要分别起诉。
- 法律依据：同样根据《民事诉讼法》的相关规定，如果诉讼标的不具有共同性或同一种类性，且法院认为合并审理可能造成审理困难或影响诉讼效率，可能会要求当事人分别起诉。
管辖法院不一致且无法协商解决：
- 如果合伙协议中约定的管辖法院与变更工商登记纠纷应由的管辖法院不一致，且双方无法就管辖法院达成一致意见，此时可能需要分别向有管辖权的法院提起诉讼。
- 实践操作：在遇到此类情况时，建议先与对方协商解决管辖法院的问题。如果协商无果，可以根据各自纠纷的性质和管辖法院的规定，分别向有管辖权的法院提起诉讼。
三、特别提示
- 管辖法院的约定：合伙协议中约定的管辖法院应当明确、具体，且不得违反级别管辖和专属管辖的规定。如果约定的管辖法院不明确或违反相关规定，可能会导致管辖法院的确定存在争议。
- 工商登记变更的法定程序：变更工商登记需要遵循法定的程序和要求，包括提交相关材料、缴纳费用等。在提起变更工商登记的诉讼请求时，应当确保已经履行了相关法定程序，否则可能会影响诉讼请求的成立。
建议：在处理此类复杂纠纷时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有具体的合伙协议或工商登记变更纠纷问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。