当起诉的两个被告约定的管辖法院不同时，原告需要遵循法律规则和程序来确定合适的管辖法院，以下是一些具体的处理方法和建议：
一、确定案件性质与法律规定
合同纠纷：如果案件属于合同纠纷，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。如果合同中明确约定了管辖法院，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，则按照约定确定管辖法院。但在此情况下，若两个被告约定的管辖法院不同，且合同并非与两被告共同签订，那么通常应分别依据各自合同中的约定来确定管辖法院。
侵权纠纷：若案件属于侵权纠纷，由侵权行为地（包括侵权行为实施地和侵权结果发生地）或者被告住所地人民法院管辖。此时，管辖法院的确定主要依据侵权行为的发生地和被告的住所地，与合同中的约定无关。
其他类型案件：对于其他类型的案件，如共同海损、遗产继承等，也有相应的管辖规定。例如，因共同海损提起的诉讼，由船舶最先到达地、共同海损理算地或者航程终止地的人民法院管辖；因遗产继承纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。
二、选择管辖法院的原则
法定管辖优先：首先应遵循法律规定的管辖原则，确保选择的法院具有合法的管辖权。
方便诉讼原则：在多个法院都有管辖权的情况下，可以选择对原告最为方便的法院提起诉讼，以减少诉讼成本和时间。
避免冲突原则：尽量避免选择可能导致管辖冲突的法院，以免给诉讼带来不必要的麻烦。
三、具体处理方法
协商选择：如果两个被告对管辖法院没有异议，且愿意在同一个法院进行诉讼，那么原告可以与被告协商选择一个共同的管辖法院。但需要注意的是，这种协商选择不能违反法律的强制性规定，且通常需要两被告均同意在某一法院进行诉讼。
分别起诉：如果无法协商达成一致，或者法律明确规定应分别管辖，那么原告可以分别向两个有管辖权的法院提起诉讼。在这种情况下，每个法院将独立审理针对其管辖范围内被告的案件。这可能会导致诉讼成本增加和诉讼时间延长，但能够确保每个被告都能在其约定的管辖法院内接受审判。
合并审理（需满足条件）：在某些情况下，虽然两个被告的管辖法院不同，但如果案件涉及共同的诉讼请求或事实理由，且符合合并审理的条件（如同一诉讼程序、同一法律关系等），原告可以向其中一个有管辖权的法院申请合并审理。然而，这需要法院的审查和批准，并非所有情况都能实现合并审理。法院会综合考虑案件的性质、被告的意愿以及诉讼效率等因素来决定是否合并审理。
利用牵连管辖：如果两个被告之间存在某种牵连关系（如共同侵权、共同违约等），且其中一个被告的住所地或经常居住地法院对案件有管辖权，那么原告也可以考虑在该法院提起诉讼，并请求法院追加另一个被告参加诉讼。这种方式需要确保牵连关系的存在，并且法院有权对追加的被告行使管辖权。
四、注意事项
遵守法律程序：在选择管辖法院时，必须严格遵守法律程序和规定，不得滥用诉权或规避管辖。
及时提出管辖权异议：如果被告认为受诉法院没有管辖权，应当在提交答辩状期间提出管辖权异议。法院将对异议进行审查，并作出是否驳回或移送案件的裁定。
配合法院审理：无论在哪个法院进行诉讼，原告都应积极配合法院的审理工作，提供必要的证据和材料，以便法院能够公正、高效地审理案件。
总结来说，当起诉的两个被告约定的管辖法院不同时，原告应根据案件性质、法律规定以及选择管辖法院的原则来综合考虑和处理。如果无法协商达成一致或法律明确规定应分别管辖，那么原告可以分别向两个有管辖权的法院提起诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。