即使约定了两个法院管辖，被告依然可以提出管辖权异议。但这一权利并非绝对，其关键在于约定管辖是否合法有效。
约定管辖的合法性：
- 依据《民事诉讼法》的相关规定，当事人可以书面协议选择与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
- 如果约定管辖违反了级别管辖（如将应由中级人民法院管辖的案件约定由基层人民法院管辖）或专属管辖（如将不动产纠纷约定由非不动产所在地法院管辖），则该约定无效，被告有权提出管辖权异议。
约定管辖的效力：
- 如果约定管辖完全符合法律规定，法院依据该约定受理了案件之后，当事人再提出管辖权异议，法院通常是不会予以支持的。
实际案例：
- 举例来说，如果小朱与小李在合同中约定了由A地法院管辖，但后来小李认为该约定违反了级别管辖规定，他可以向法院提出管辖权异议，主张应将案件移送至符合级别管辖规定的法院审理。
- 如果经过审查，该约定确实违反了级别管辖，那么小李的异议将会得到法院的支持；反之，如果约定合法，则小李的异议可能会被驳回。
综上所述，被告在约定管辖之后是否能够提出管辖权异议，主要取决于约定管辖的合法性。因此，在签订合同时，当事人应当谨慎选择管辖法院，并确保约定符合《民事诉讼法》的相关规定，以避免后续可能出现的管辖权争议。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。